Performanța a patru teste de amplificare a acidului nucleic pentru identificarea SARS-CoV-2 în Etiopia

Vă mulțumim că ați vizitat Nature.com. Folosiți o versiune de browser cu suport CSS limitat. Pentru o experiență optimă, vă recomandăm să utilizați un browser actualizat (sau să dezactivați Modul de compatibilitate în Internet Explorer). În plus, pentru a asigura suport continuu, afișăm site-ul fără stiluri și JavaScript.
Afișează un carusel cu trei diapozitive simultan. Folosește butoanele Anterior și Următor pentru a parcurge trei diapozitive simultan sau folosește butoanele cursorului de la final pentru a parcurge trei diapozitive simultan.
De la izbucnirea bolii cu coronavirus (COVID-19) din 2019, numeroase teste comerciale de amplificare a acidului nucleic (NAAT) au fost dezvoltate în întreaga lume și au devenit teste standard. Deși mai multe teste au fost rapid dezvoltate și aplicate în testele de diagnostic de laborator, performanța acestor teste nu a fost evaluată într-o varietate de contexte. Prin urmare, acest studiu a avut ca scop evaluarea performanței testelor Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI și Sansure Biotech utilizând Standardul Composit de Referință (CRS). Studiul a fost realizat la Institutul Etiopian de Sănătate Publică (EPHI) în perioada 1-30 decembrie 2020. 164 de probe nazofaringiene au fost extrase utilizând kitul QIAamp RNA mini și sistemul Abbott de preparare a probelor de ADN. Dintre cele 164 de specimene, 59,1% au fost pozitive, iar 40,9% au fost negative pentru CRS. Pozitivitatea la Sansure Biotech a fost semnificativ scăzută în comparație cu CRS (p < 0,05). Pozitivitatea la Sansure Biotech a fost semnificativ scăzută în comparație cu CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Rezultatele pozitive ale Sansure Biotech au fost semnificativ mai mici în comparație cu CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech a avut semnificativ mai puține rezultate pozitive în comparație cu CRS (p < 0,05).Concordanța generală a celor patru analize a fost de 96,3–100% în comparație cu CRS. Pe lângă rata scăzută de pozitivitate a testului Sansure Biotech, performanța celor patru teste a fost aproape comparabilă. Ca atare, testul Sansure Biotech [Research Only (RUO)] necesită validare suplimentară pentru utilizarea sa în Etiopia. În cele din urmă, ar trebui luate în considerare cercetări suplimentare pentru a evalua testele cu declarații corespunzătoare ale producătorului.
Testarea de laborator face parte din Planul strategic de pregătire și răspuns la boala coronavirus 2019 (COVID-19) al Organizației Mondiale a Sănătății (OMS). OMS recomandă țărilor să-și dezvolte capacitatea laboratoarelor pentru a îmbunătăți pregătirea, gestionarea adecvată a cazurilor, vigilența și răspunsul rapid la provocările de sănătate publică. Acest lucru sugerează că rolul laboratorului este esențial pentru caracterizarea bolii și epidemiologia agenților infecțioși emergenți și pentru controlul răspândirii acestora.
Diagnosticul COVID-19 necesită informații epidemiologice și medicale, simptome/semne personale și date radiografice și de laborator2. De la raportarea focarului de COVID-19 în Wuhan, China, au fost dezvoltate numeroase teste comerciale de amplificare a acidului nucleic (NAAT) în întreaga lume. Reacția în lanț a polimerazei cu transcripție inversă în timp real (rRT-PCR) a fost utilizată ca metodă de rutină și standard pentru diagnosticul de laborator al infecției cu sindromul respirator acut sever 2 (SARS-CoV-2)3. Detectarea moleculară a SARS-CoV-2 se bazează de obicei pe genele N (gena proteinei nucleocapsidei), E (gena proteinei anvelopei) și RdRp (gena ARN polimerazei dependente de ARN) din regiunea ORF1a/b (gena open reading frame 1a/b) identificată din genomul viral. Acestea sunt considerate a fi principalele regiuni conservate găsite în genomurile virale pentru recunoașterea virusului4. Printre aceste gene, genele RdRp și E au o sensibilitate analitică ridicată de detectare, în timp ce gena N are o sensibilitate analitică scăzută5.
Performanța testelor PCR poate varia în funcție de diverși factori, cum ar fi: reactivii de extracție, reactivii de amplificare/detectare, metoda de extracție, calitatea aparatului PCR și a altor instrumente. Începând cu aprilie 2020, peste 48 de dispozitive de diagnostic diferite din nouă țări au primit Autorizație de Utilizare în Caz de Urgență (EUA) pentru diagnosticarea COVID-196. În Etiopia, peste 14 platforme PCR în timp real sunt utilizate pentru detectarea PCR a SARS-CoV-2 la 26 de instituții de sănătate publică, inclusiv ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 și Quant-studio7. În plus, sunt disponibile diverse kituri de testare PCR, cum ar fi testul Daan Gene, testul Abbott SARS-CoV-2, testul Sansure Biotech și testul BGI SARS-CoV-2. Deși rRT-PCR este foarte sensibil, unii pacienți cu COVID-19 raportează rezultate fals negative din cauza copiilor insuficiente de acid ribonucleic (ARN) viral în probe, din cauza colectării, transportului, depozitării și manipulării necorespunzătoare, precum și a testelor de laborator. condițiile și acțiunile personalului8. În plus, manipularea greșită a probelor sau controalelor, setarea pragului ciclului (Ct) și reactivitatea încrucișată cu alți acizi nucleici patogeni sau ARN inactiv/rezidual SARS-CoV-2 pot duce la rezultate fals pozitive în testele rRT-PCR9. Astfel, este clar că testele PCR pot identifica într-adevăr purtătorii de fragmente genetice, deoarece nici măcar nu pot distinge între genele virale cu adevărat active, astfel încât testele pot identifica doar purtătorii și nu pacienții10. Prin urmare, este important să se evalueze performanța diagnostică folosind metode standard în contextul nostru. Deși mulți reactivi NAAT sunt disponibili la Institutul Etiopian de Sănătate Publică (EPHI) și în întreaga țară, nu a fost încă raportată nicio evaluare comparativă a eficacității lor. Prin urmare, acest studiu și-a propus să evalueze performanța comparativă a kiturilor disponibile comercial pentru detectarea SARS-CoV-2 prin rRT-PCR utilizând specimene clinice.
Un total de 164 de participanți cu suspiciune de COVID-19 au fost incluși în acest studiu. Majoritatea eșantioanelor proveneau din centre de tratament (118/164 = 72%), în timp ce restul de 46 (28%) de participanți proveneau din centre care nu includeau tratament. Printre participanții care nu au fost tratați în centru, 15 (9,1%) aveau cazuri suspectate clinic, iar 31 (18,9%) aveau contacți ai unor cazuri confirmate. Nouăzeci și trei (56,7%) de participanți erau bărbați, iar vârsta medie (± DS) a participanților a fost de 31,10 (± 11,82) ani.
În acest studiu, au fost determinate ratele pozitive și negative pentru patru teste pentru COVID-19. Astfel, ratele pozitive ale testului Abbott SARS-CoV-2, testului Daan Gene 2019-nCoV, testului SARS-CoV-2 BGI și testului Sansure Biotech 2019-nCoV au fost de 59,1%, 58,5%, 57,9% și respectiv 55,5%. Scorurile standardului de referință compozit (CRS) pozitive și negative au fost 97 (59,1%) și respectiv 67 (40,9%) (Tabelul 1). În acest studiu, definiția CRS s-a bazat pe regula „orice rezultat pozitiv”, prin care din patru rezultate ale testelor, două sau mai multe rezultate ale testelor care au dat același rezultat au fost considerate adevărat pozitive sau negative.
În acest studiu, am constatat o concordanță procentuală negativă (NPA) de 100% (IC 95% 94,6–100) pentru toate analizele comparativ cu CRS. Analiza Sansure Biotechnology a arătat un PPA minim de 93,8% (IC 95% 87,2-97,1), iar analiza Daan Gene 2019-nCoV a avut o concordanță generală de 99,4% (IC 95% 96,6-99,9). În schimb, concordanța generală între testul SARS-CoV-2 BGI și testul Sansure Biotech 2019-nCoV a fost de 98,8%, respectiv 96,3% (Tabelul 2).
Coeficientul kappa Cohen de concordanță între rezultatele testului CRS și cele ale testului Abbott SARS-CoV-2 a fost pe deplin consistent (K = 1,00). În mod similar, valorile kappa Cohen detectate de Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI și Sansure Biotech 2019-nCoV sunt, de asemenea, pe deplin consistent cu CRS (K ≥ 0,925). În această analiză comparativă, testul chi-pătrat (testul McNemar) a arătat că rezultatele testului Sansure Biotech 2019-nCoV au fost semnificativ diferite de rezultatele CRS (p = 0,031) (Tabelul 2).
Așa cum se arată în Fig.Procentul celei mai mici valori Ct (< 20 Ct) din testul Abbott SARS-CoV-2 (gena combinată RdRp și N) a fost de 87,6%, iar valoarea Ct a genei ORF1a/b din testul Sansure Biotech 2019-nCoV a arătat că procentul valorii Ct scăzute (< 20 Ct) a fost de 50,3%, iar valoarea Ct ridicată (36–40 Ct) a fost de 3,2%. Procentul celei mai mici valori Ct (< 20 Ct) din testul Abbott SARS-CoV-2 (gena combinată RdRp și N) a fost de 87,6%, iar valoarea Ct a genei ORF1a/b din testul Sansure Biotech 2019-nCoV a arătat că procentul valorii Ct scăzute (< 20 Ct) a fost de 50,3%, iar valoarea Ct ridicată (36–40 Ct) a fost de 3,2%.Așa cum se arată în Fig.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) 6%, 8 и N) значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 23%, ста) а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло 3,2%. 1, procentul cu cea mai mică valoare Ct (< 20 Ct) din analiza Abbott SARS-CoV-2 (gena combinată RdRp și N) a fost de 87,6%, iar analiza valorii Ct a genei ORF1a/b din Sansure Biotech 2019-nCoV a arătat că procentul cu valoarea Ct scăzută (< 20 Ct) a reprezentat 50,3%, iar Ct cu valoare mare (36–40 Ct) a reprezentat 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（<20%，Sansur. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值(36)–40 Ct (36)–40的百分比为3,2%. După cum se arată în Figura 1, cel mai mic procent al valorii Ct (< 20 Ct) obținut în testul Abbott SARS-CoV-2 (o combinație între genele RdRp și N) este de 87,6%, valoarea Ct a genei ORF1a/b obținută în testul Sansure Biotech 2019-nCoV arată un procent scăzut de Ct (< 20 Ct) de 50,3%, iar procentul de Ct (36–40 Ct) de 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое нтроец нтроец Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV покат.зка După cum se arată în Figura 1, testul Abbott SARS-CoV-2 (combinând genele RdRp și N) a avut cea mai mică valoare procentuală Ct (< 20 Ct), de 87,6%, în timp ce valoarea Ct a genei ORF1a/b în studiul Sansure Biotech 2019 - Analiza nCoV a arătat un Ct scăzut. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Procentul de valori (< 20 Ct) a fost de 50,3%, iar procentul de valori Ct ridicate (36–40 Ct) a fost de 3,2%.Testul Abbott SARS-CoV-2 B a înregistrat valori Ct peste 30. Pe de altă parte, în testul BGI SARS-CoV-2, gena ORF1a/b a avut o valoare Ct ridicată (> 36 Ct), procentul fiind de 4% (Fig. 1). Pe de altă parte, în testul BGI SARS-CoV-2, gena ORF1a/b a avut o valoare Ct ridicată (> 36 Ct), procentul fiind de 4% (Fig. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент кол 4% (рис. 1). Pe de altă parte, în analiza BGI, gena ORF1a/b a SARS-CoV-2 a prezentat o valoare Ct ridicată (> 36 Ct), procentul acesteia fiind de 4% (Fig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比一分比一帛%（4% Pe de altă parte, în detectarea SARS-CoV-2 prin BGI, procentul genei ORF1a/b cu valoare Ct ridicată (>36 Ct) este de 4% (Figura 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) (>36 Ct) сл. Pe de altă parte, în analiza BGI SARS-CoV-2, procentul de gene ORF1a/b cu valori Ct ridicate (>36 Ct) a fost de 4% (Fig. 1).
În acest studiu, am prelevat 164 de probe nazofaringiene. Pentru toate tipurile de teste, izolarea și amplificarea ARN-ului au fost efectuate utilizând metodele și kiturile recomandate de producătorii respectivi.
Acest studiu a demonstrat că testul Abbott pentru SARS-CoV-2 are aceeași performanță de detectare ca și CRS, cu 100% rezultate pozitive, negative și concordanță generală. Acordul kappa Cohen este de 1,00, indicând un acord complet cu CRS. Un studiu similar realizat de Universitatea din Washington din SUA a constatat că sensibilitatea și specificitatea generală a testului Abbott pentru SARS-CoV-2 au fost de 93% și, respectiv, 100%, comparativ cu testul determinat de laborator (LDA) al CDC. 11. Sistemul de detectare Abbott SARS-CoV-2 se bazează pe detectarea combinată simultană a genelor N și RdRp, deoarece ambele gene sunt mai sensibile, reducând la minimum falsurile negative12. Un studiu realizat la Viena, Austria, a arătat, de asemenea, că volumele mari de probe de extracție și volumele mari de eluent de detectare au minimizat efectele de diluție și au crescut eficiența detecției13. Astfel, soluția perfectă Abbott pentru testul SARS-CoV-2 poate fi asociată cu un sistem de detecție platformă care detectează simultan gene combinatorii, extrage un număr mare de probe (0,5 ml) și utilizează o cantitate mare de eluent (40 µl).
Rezultatele noastre au arătat, de asemenea, că performanța de detectare a testului genetic Daan a fost aproape aceeași cu cea a CRS. Acest lucru este în concordanță cu un studiu14 realizat la Universitatea Anhui din Huainan, China, și cu afirmația producătorului privind o concordanță pozitivă de 100%. În ciuda rapoartelor privind rezultatele consistente, o probă a fost fals negativă după retestarea aceluiași eluat, dar a fost pozitivă în testele Abbott SARS-CoV-2 și Sansure Biotech nCoV-2019. Acest lucru sugerează că ar putea exista variabilitate în rezultate între diferite tipuri de teste. Cu toate acestea, în studiul realizat în China15, rezultatul testului Daan Gene a fost semnificativ diferit (p < 0,05) în comparație cu testul de referință definit în laborator. Cu toate acestea, în studiul realizat în China15, rezultatul testului Daan Gene a fost semnificativ diferit (p < 0,05) în comparație cu testul de referință definit în laborator. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значителедовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значитенном (5) их лабораторного эталонного анализа. Totuși, într-un studiu realizat în China15, rezultatul analizei realizate de Daan Gene a fost semnificativ diferit (p < 0,05) de analiza lor de referință din laborator.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значитель
0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Totuși, într-un studiu realizat în China15, rezultatele testului genetic al lui Daan au fost semnificativ diferite (p < 0,05) în comparație cu testul de laborator de referință.Această discrepanță se poate datora sensibilității testului de referință pentru detectarea SARS-CoV-2, iar studii suplimentare pot fi importante pentru a determina cauza.
În plus, studiul nostru a evaluat performanța comparativă a testului SARS-CoV-2 BGI cu CRS, demonstrând o concordanță procentuală pozitivă excelentă (PPA = 97,9%), o concordanță procentuală negativă (NPA = 100%) și o concordanță procentuală generală în funcție de sex (OPA). = 98,8%). Valorile Kappa Cohen au arătat o bună concordanță (K = 0,975). Studiile efectuate în Olanda16 și China15 au arătat rezultate consistente. Testul SARS-CoV-2 BGI este un test de detectare a unei singure gene (ORF1a/b) care utilizează 10 µl de eluat de amplificare/detectare. În ciuda unei bune concordanțe statistice cu rezultatele noastre de referință, analiza a omis două probe pozitive (1,22%) din eșantionul total. Acest lucru poate avea implicații clinice uriașe asupra dinamicii transmiterii, atât la nivel de pacient, cât și la nivel comunitar.
O altă analiză comparativă inclusă în acest studiu a fost testul Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); procentul general de potrivire a fost de 96,3%. Puterea concordanței a fost determinată și de valoarea Kappa Cohen, care a fost de 0,925, indicând o concordanță deplină cu CRS. Din nou, rezultatele noastre sunt identice cu studiile efectuate la Universitatea Central South din Changsha, China, și la Departamentul de Laborator Clinic al Spitalului Popular Liuzhou, orașul Liuzhou, China17. Chiar dacă s-a înregistrat concordanța statistică bună menționată mai sus, testul chi-pătrat (testul MacNemar) a arătat că rezultatul testului Sansure Biotech a prezentat o diferență semnificativă statistic în comparație cu CRS (p < 0,005). Chiar dacă s-a înregistrat concordanța statistică bună menționată mai sus, testul chi-pătrat (testul MacNemar) a arătat că rezultatul testului Sansure Biotech a prezentat o diferență semnificativă statistic în comparație cu CRS (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое сототировано указанное выше хорошее статистическое сототиреровано хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имет статистически злесески злесч зальтат (критерий Макнемара) по сравнению с CRS (p < 0,005). Deși s-a înregistrat concordanța statistică bună de mai sus, testul chi-pătrat (testul McNemar) a arătat că rezultatul testului Sansure Biotech a prezentat o diferență semnificativă statistic în comparație cu CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，但卡方检验，Sansure Biotech 朚C相比具有统计学显着差异（p < 0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， biotech ， 检验 ，与 crs 相比 具有 显着 （（p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。＼。。）） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий хи-квадратрат) (критерат) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS. În ciuda bunei concordanțe statistice menționate mai sus, testul chi-pătrat (testul McNemar) a arătat o diferență semnificativă statistic (p < 0,005) între testul Sansure Biotech și CRS.Șase probe (3,66%) s-au dovedit a fi fals negative în comparație cu CRS (Tabelul suplimentar 1); acest lucru este foarte important, mai ales având în vedere dinamica transmiterii virusului. Datele de mai sus susțin, de asemenea, această rată scăzută de detectare15.
În acest studiu, valorile Ct au fost determinate pentru fiecare test și platformă respectivă, cea mai mică valoare medie Ct fiind raportată în testul Abbott SARS-CoV-2. Acest rezultat poate fi legat de sistemul de testare genetică combinată simultană al Abbott pentru detectarea SARS-CoV-2. Prin urmare, conform Figurii 1, 87,6% din rezultatele Abbott SARS-CoV-2 au avut valori Ct sub 20. Doar un număr mic de rezultate ale probelor (12,4%) s-au situat în intervalul 20-30. Nu au fost înregistrate valori Ct peste 30. Pe lângă utilizarea de către Abbott a formatului de testare genetică panel SARS-CoV-2, acest rezultat poate fi legat de limita inferioară de detecție (32,5 copii ARN/ml)18, care este de trei ori mai mică decât limita inferioară a companiei de 100 copii ARN/ml)19.
Acest studiu are unele limitări: în primul rând, nu dispunem de metode standard/de referință [cum ar fi încărcătura virală sau alte teste de laborator (LDA)] din cauza lipsei de resurse. În al doilea rând, toate probele utilizate în acest studiu au fost tampoane nazofaringiene, în timp ce rezultatele nu au fost aplicabile altor tipuri de probe și, în al treilea rând, dimensiunea eșantionului nostru a fost mică.
Acest studiu a comparat performanța a patru teste rRT-PCR pentru SARS-CoV-2 utilizând probe nazofaringiene. Toate testele de detecție au avut performanțe aproape comparabile, cu excepția testului Sansure Biotech. În plus, în testul Sansure Biotech s-a identificat o rată scăzută de pozitivitate în comparație cu CRS (p < 0,05). În plus, în testul Sansure Biotech s-a identificat o rată scăzută de pozitivitate în comparație cu CRS (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по срав нс, 05 (CRS). În plus, testul Sansure Biotech a arătat un procent scăzut de rezultate pozitive în comparație cu CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравен, CRS5 (CRS5). În plus, testul Sansure Biotech a avut o rată de pozitivitate mai mică în comparație cu CRS (p < 0,05).Analiza PPA, NPA și concordanța generală realizată de Sansure Biotech pentru nCoV-2019 (RUO) a depășit 93,5%, cu o valoare a concordanței Cohen Kappa de 0,925. În cele din urmă, testul Sansure Biotech (RUO) necesită o validare suplimentară pentru utilizarea în Etiopia și ar trebui luate în considerare cercetări suplimentare pentru a evalua afirmațiile producătorilor individuali.
Studiul comparativ a fost realizat în patru unități medicale din Addis Abeba: Spitalul Eka Kotebe, Centrul de Tratament Millennium Church, Spitalul Memorial Zewooditu și Spitalul Specializat în Tuberculoză St. Peter. Datele au fost colectate între 1 și 31 decembrie 2020. Unitățile medicale pentru acest studiu au fost alese în mod intenționat, pe baza numărului mare de cazuri și a disponibilității centrelor de tratament majore din oraș. În mod similar, instrumentele, inclusiv instrumentele PCR în timp real ABI 7500 și Abbott m2000, au fost selectate conform recomandărilor producătorilor de reactivi NAAT, iar pentru acest studiu au fost selectate patru kituri de detecție PCR, deoarece majoritatea laboratoarelor din Etiopia au utilizat cel puțin patru dintre acestea. Test genetic, test Abbott SARS-CoV-2, test Sansure Biotech și test BGI SARS-CoV-2 efectuate în timpul studiului.
Testarea pentru SARS-CoV-2 a fost efectuată în perioada 1-30 decembrie 2020 utilizând 3 ml de mediu de transport viral (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) de la persoane investigate pentru COVID-19 și trimise la EPHI. Probele nazofaringiene au fost colectate de către colectori de probe instruiți și trimise la EPHI în pachete triple. Înainte de izolarea acidului nucleic, fiecărei probe i se atribuie un număr unic de identificare. Extracția se efectuează din fiecare probă imediat la sosire, utilizând metode de extracție manuale și automate. Astfel, pentru extracția automată a Abbott m2000, s-au extras 1,3 ml (inclusiv 0,8 ml volum mort și 0,5 ml volum de intrare pentru extracție) din fiecare probă și s-au trecut prin Sistemul de preparare a probelor de ADN Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, SUA). Un lot de 96 [92 de probe, două controale de detecție și două controale non-șablon (NTC)] a fost inclus în procesul general (recuperare și detectare) a două runde de extragere a SARS-CoV-2 (EUA) în timp real. În mod similar, pentru extracția manuală, utilizați aceleași probe (pentru extracția și descoperirea automată). Astfel, pe parcursul procesului, au fost alicotate și extrase probe de 140 µl folosind QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Germania) în loturi de 24 (inclusiv 20 de probe, două controale de testare și două NTC) pe parcursul a nouă runde. Eluatele extrase manual au fost amplificate și detectate folosind un termociclator ABI 7500 folosind testul SARS-CoV-2 BGI, testul Daan Gene și testul Sansure Biotech.
Izolarea și purificarea automată a ARN-ului viral SARS-CoV-2 urmează principiul bilelor magnetice utilizând reactivi Abbott pentru prepararea probelor de ADN. Inactivarea probelor și solubilizarea particulelor virale se efectuează utilizând un detergent care conține izotiocianat de guanidină pentru a denatura proteina și a inactiva RNază. ARN-ul este apoi separat de proteină prin separare în fază solidă folosind silice, adică sarea de guanidiniu și pH-ul alcalin al tamponului de liză promovează legarea acizilor nucleici la silice (SiO2). Etapa de clătire îndepărtează proteinele și resturile rămase pentru a produce o soluție limpede. ARN-ul transparent este izolat din microparticulele pe bază de silice folosind câmpul magnetic al instrumentului20,21. Pe de altă parte, izolarea și purificarea manuală a ARN-ului se efectuează prin metoda coloanei de spin folosind centrifugare în loc de un suport magnetic și separarea microparticulelor de eluent.
Testul Abbott Real-Time SARS-CoV-2 de detectare (Abbott Molecular, Inc.) a fost efectuat conform instrucțiunilor producătorului, care a primit EUA19,22 de la OMS și FDA. În acest protocol, inactivarea probei înainte de extracție a fost efectuată într-o baie de apă la 56 °C timp de 30 de minute. După inactivarea virusului, extracția acidului nucleic a fost efectuată pe un instrument Abbott m2000 SP din 0,5 ml VTM utilizând un sistem de preparare a probelor de ADN Abbott m2000, conform instrucțiunilor producătorului. Amplificarea și detectarea au fost efectuate utilizând un instrument Abbott m2000 RT-PCR, iar detectarea duală a fost efectuată pentru genele RdRp și N. ROX) și VIC P (colorant brevetat) pentru direcționarea și detectarea controalelor interne, permițând detectarea simultană a ambelor produse de amplificare 19.
Metoda de detectare a amplificării utilizată în acest kit se bazează pe tehnologia RT-PCR într-o singură etapă. Genele ORF1a/b și N au fost selectate ca regiuni conservate de către Daan Gene Technology pentru a detecta amplificarea regiunii țintă. Au fost concepuți primeri specifici și sonde fluorescente (sonde ale genei N marcate cu FAM, sonde ORF1a/b marcate cu VIC) pentru a detecta ARN-ul SARS-CoV-2 în probe. Eluentul final și amestecurile master au fost preparate prin adăugarea a 5 µl de eluent la 20 µl de amestec master, până la un volum final de 25 µl. Amplificarea și detectarea au fost efectuate simultan pe un instrument PCR în timp real ABI 750024.
Genele ORF1a/b și N au fost detectate utilizând kitul de diagnostic pentru acid nucleic Sansure Biotech nCoV-2019 (detecție PCR fluorescentă). Preparați sonde specifice pentru fiecare genă țintă selectând canalul FAM pentru regiunea ORF1a/b și canalul ROX pentru gena N. La acest kit de testare, eluentul și reactivii master mix se adaugă după cum urmează: preparați 30 µl de reactiv master mix și 20 µl de probă eluată pentru detectare/amplificare. Pentru amplificare/detecție s-a utilizat PCR în timp real ABI 750025.
Testul SARS-CoV-2 BGI este un kit rRT-PCR fluorescent în timp real pentru diagnosticarea COVID-19. Regiunea țintă este situată în regiunea ORF1a/b a genomului SARS-CoV-2, care este o metodă de detectare a unei singure gene. În plus, gena umană housekeeping β-actina este o genă țintă reglată intern. Amestecul principal este preparat prin amestecarea a 20 µl din reactivul amestecului principal și a 10 µl din proba de ARN extrasă într-o placă cu godeuri26. Pentru amplificare și detectare a fost utilizat un instrument PCR cantitativ fluorescent în timp real ABI 7500. Toate amplificarea acidului nucleic, condițiile de rulare PCR pentru fiecare test și interpretarea rezultatelor au fost efectuate conform instrucțiunilor producătorului respectiv (Tabelul 3).
În această analiză comparativă, nu am utilizat metoda standardului de referință pentru a determina procentul de concordanță (pozitiv, negativ și general) și alți parametri de comparație pentru cele patru analize. Fiecare comparație de teste a fost efectuată cu CRS, în acest studiu CRS a fost stabilit după regula „orice pozitiv”, iar rezultatul a fost determinat, nu printr-un singur test, am folosit cel puțin două rezultate de teste potrivite. În plus, în cazul transmiterii COVID-19, rezultatele fals negative sunt mai periculoase decât rezultatele fals pozitive. Prin urmare, pentru a spune „pozitiv” cât mai exact posibil dintr-un rezultat CRS, cel puțin două teste trebuie să fie pozitive, ceea ce înseamnă că cel puțin un rezultat pozitiv este probabil să provină dintr-un test EUA. Astfel, din patru rezultate ale testelor, două sau mai multe rezultate ale testelor care dau același rezultat sunt considerate adevărat pozitive sau negative18,27.
Datele au fost colectate folosind formulare structurate de extragere a datelor, introducerea și analiza datelor au fost efectuate folosind software-ul statistic Excel și SPSS versiunea 23.0 pentru statistici descriptive. Au fost analizate concordanța pozitivă, negativă și procentuală generală, iar un scor Kappa a fost utilizat pentru a determina gradul de concordanță al fiecărei metode cu CRS. Valorile Kappa sunt interpretate după cum urmează: 0,01 până la 0,20 pentru concordanță ușoară, 0,21 până la 0,40 pentru concordanță generală, 0,41-0,60 pentru concordanță moderată, 0,61-0,80 pentru concordanță majoră și 0,81-0,99 pentru concordanță completă28.
Autorizația etică a fost obținută de la Universitatea din Addis Abeba, iar toate protocoalele experimentale pentru acest studiu au fost aprobate de Consiliul de Etică Științifică al Institutului Etiopian de Sănătate Publică. Numărul de referință pentru Licența de Etică EPHI este EPHI/IRB-279-2020. Toate metodele au fost aplicate în conformitate cu recomandările și prevederile Ghidurilor Naționale Cuprinzătoare din Etiopie pentru Tratamentul COVID-19. În plus, a fost obținut consimțământul informat în scris de la toți participanții la studiu înainte de participarea la studiu.
Toate datele obținute sau analizate în acest studiu sunt incluse în acest articol publicat. Datele care susțin rezultatele acestui studiu sunt disponibile de la autorul respectiv, la cerere rezonabilă.
Organizația Mondială a Sănătății. Recomandări pentru strategii de testare de laborator pentru COVID-19: Ghid interimar, 21 martie 2020, nr. OMS/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (OMS, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. și Gourgoulianis, KI Diagnostic inteligent al COVID-19 în departamentul de urgență: totul în practică. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. și Gourgoulianis, KI Diagnostic inteligent al COVID-19 în departamentul de urgență: totul în practică.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. și Gurgulianis, KI Diagnostic inteligent al COVID-19 în departamentul de urgență: totul în practică.Muliou DS, Pantazopoulos I. și Gurgulyanis KI Diagnostic inteligent al COVID-19 în departamentele de urgență: integrare completă în practică. Expert Reverend Respire. medicine. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL și St George, K. Evaluarea testului COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL și St George, K. Evaluarea testului COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL și St. George, K. Evaluarea testului COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL și St. George K. Evaluarea testului COVID19 ID NOW EUA. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
OMS. Detectarea în laborator a bolii cu coronavirus 2019 (COVID-19) în cazuri suspectate de boală umană. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (accesat la 15 august 2020) (OMS, 2020).
Udugama, B. și colab. Diagnosticul COVID-19: Boli și instrumente de testare. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. și colab. Înființarea Colegiului de Patologi din Africa de Est, Centrală și de Sud – Școala Regională de Patologie din Orientul Mijlociu și Africa de Sud. Africa. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Institutul Etiopian de Sănătate Publică, Ministerul Federal al Sănătății. Strategie și îndrumări naționale interimare pentru diagnosticul de laborator al COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (accesat la 12 august 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. și Kesselheim, AS Teste fals negative pentru infecția cu SARS-CoV-2: provocări și implicații. Woloshin, S., Patel, N. și Kesselheim, AS Teste fals negative pentru infecția cu SARS-CoV-2: provocări și implicații.Voloshin S., Patel N. și Kesselheim AS Teste fals negative pentru infecțiile cu SARS-CoV-2 și consecințele acestora.Voloshin S., Patel N. și Kesselheim AS Teste fals negative pentru provocare și impactul infecției cu SARS-CoV-2. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS și Gourgoulianis, KI Cazuri fals pozitive și fals negative de COVID-19: strategii de prevenire și gestionare a respirației, vaccinare și perspective suplimentare. Mouliou, DS și Gourgoulianis, KI Cazuri fals pozitive și fals negative de COVID-19: strategii de prevenire și gestionare a respirației, vaccinare și perspective suplimentare. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS și Gourgoulianis, KI Cazuri fals pozitive și fals negative de COVID-19: strategii de prevenire și tratament respirator, vaccinare și calea de urmat.Muliu, DS și Gurgulianis, KI Cazuri fals pozitive și fals negative de COVID-19: strategii pentru prevenirea și tratamentul respirator, vaccinarea și calea de urmat. Expert Reverend Respire. medicine. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. și Konstantinos, G. Diagnosticul COVID-19 în departamentul de urgență: Vezi copacul, dar pierzi pădurea. Mouliou, DS, Ioannis, P. și Konstantinos, G. Diagnosticul COVID-19 în departamentul de urgență: Vezi copacul, dar pierzi pădurea.Mouliou, DS, Ioannis, P. și Konstantinos, G. Diagnosticul COVID-19 în departamentul de urgență: Vezi copacul, pierzi pădurea.Muliou DS, Ioannis P. și Konstantinos G. Diagnosticul COVID-19 în camerele de gardă: Nu există suficientă pădure pentru copaci. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. și colab. Validarea performanței analitice și clinice a testului Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. și Aflatoonian, B. Compararea a cinci seturi de primeri din diferite regiuni genomice ale COVID-19 pentru detectarea infecției cu virusul prin RT-PCR convențională. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. și Aflatoonian, B. Compararea a cinci seturi de primeri din diferite regiuni genomice ale COVID-19 pentru detectarea infecției cu virusul prin RT-PCR convențională.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. și Aflatunyan, B. Compararea a cinci seturi de primeri din diferite regiuni ale genomului COVID-19 pentru detectarea infecției virale prin RT-PCR convențională. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. și Aflatoonian, B. Compararea a 5 regiuni genetice diferite ale COVID-19 pentru detectarea infecției virale prin RT-PCR convențională.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. și Aflatunyan B. Compararea a cinci seturi de primeri din diferite regiuni ale genomului COVID-19 pentru detectarea infecției virale prin RT-PCR convențională.Iran. J. Microbiologie. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. și colab. Rezultate preliminare ale programului național de evaluare externă a calității pentru detectarea secvențelor genomului SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. și colab. Evaluarea analitică a eficacității a cinci kituri RT-PCR pentru sindromul respirator acut sever Coronavirus 2. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. și colab. Evaluarea a șapte kituri de detectare a ARN-ului SARS-CoV-2 disponibile comercial în China, bazate pe reacția în lanț a polimerazei (PCR) în timp real. Clinic. Chimic. Laborator. Medicină. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB și colab. Comparație a șapte kituri comerciale de diagnostic RT-PCR pentru COVID-19. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu și colab. Comparație a performanței diagnostice a două kituri PCR pentru detectarea acizilor nucleici SARS-CoV-2. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR etc. Un studiu comparativ al patru platforme de testare a amplificării acidului nucleic (NAAT) pentru SARS-CoV-2 a arătat că performanța ID NOW a fost semnificativ degradată în funcție de pacient și de tipul de probă. diagnostic. microbiologie. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Molecula Abbott. Prospectul pentru analiza Abbott în timp real a SARS-CoV-2. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Începând cu 10 august 2020) (2020).
Klein, S. și colab. Izolarea ARN-ului SARS-CoV-2 folosind sfere magnetice pentru detectarea rapidă la scară largă prin RT-qPCR și RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).