Performanța a patru teste de amplificare a acidului nucleic pentru identificarea SARS-CoV-2 în Etiopia

Vă mulțumim că ați vizitat Nature.com. Utilizați o versiune a browserului cu suport CSS limitat. Pentru cea mai bună experiență, vă recomandăm să utilizați un browser actualizat (sau să dezactivați modul de compatibilitate în Internet Explorer). În plus, pentru a asigura un sprijin continuu, arătăm site -ul fără stiluri și JavaScript.
Afișează o carusel de trei diapozitive simultan. Folosiți butoanele anterioare și următoare pentru a vă deplasa prin trei diapozitive simultan sau utilizați butoanele glisante la capăt pentru a vă deplasa prin trei diapozitive simultan.
De la focarul de boală Coronavirus din 2019 (COVID-19), multe teste comerciale de amplificare a acidului nucleic (NAATS) au fost dezvoltate în întreaga lume și au devenit teste standard. Deși mai multe teste au fost dezvoltate rapid și aplicate la teste de diagnostic de laborator, performanța acestor teste nu a fost evaluată într -o varietate de setări. Prin urmare, acest studiu și-a propus să evalueze performanța testelor Abbott SARS-CoV-2, Gene Daan, BGI și Sansure Biotech folosind standardul de referință compozit (CRS). Studiul a fost realizat la Institutul de Sănătate Publică Etiopiană (EPHI) în perioada 1-3 decembrie 2020. 164 probe nazofaringiene au fost extrase folosind QIAAMP ARN Mini Kit și sistemul de preparare a eșantionului ABBOTT ABBOTT. Din 164 de exemplare, 59,1% au fost pozitive și 40,9% au fost negative pentru CRS. Pozitivitatea biotehnologiei sansure a fost semnificativ scăzută în comparație cu CRS (p <0,05). Pozitivitatea biotehnologiei sansure a fost semnificativ scăzută în comparație cu CRS (p <0,05). Положительные результаты Sansure Biotech ыыли значительно ниже по сравнению с Crs (p <0,05). Rezultatele pozitive ale Sansure Biotech au fost semnificativ mai mici în comparație cu CRS (P <0.05).与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ P <0,05）。与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ P <0,05）。 SanSure Biotech ыыло значительно менше положительных реззльатов по сравнению с Crs (p <0,05). Sansure Biotech a avut rezultate pozitive semnificativ mai puține în comparație cu CRS (P <0.05).Acordul general al celor patru analize a fost de 96,3-100% comparativ cu CRS. În plus față de rata scăzută de pozitivitate a testului biotehnologiei sansure, performanța celor patru teste a fost aproape comparabilă. Ca atare, testul Sansure Biotech [doar cercetare (RUO)] necesită validare suplimentară pentru utilizarea sa în Etiopia. În cele din urmă, ar trebui luate în considerare cercetări suplimentare pentru a evalua testele cu creanțele adecvate ale producătorului.
Testarea de laborator face parte din Planul strategic al Organizației Mondiale a Sănătății (OMS) pentru boala Coronavirus 2019 (COVID-19) Pregătirea și răspunsul (SPRP). OMS sfătuiește că țările trebuie să crească capacitatea de laborator pentru a îmbunătăți pregătirea, gestionarea adecvată a cazurilor, vigilența și răspunsul rapid la provocările de sănătate publică. Acest lucru sugerează că rolul laboratorului este esențial pentru caracterizarea bolii și epidemiologia agenților infecțioși emergenți și controlul răspândirii acestora.
Diagnosticul de COVID-19 necesită informații epidemiologice și medicale, simptome/semne personale și date radiografice și de laborator2. Deoarece focarul Covid-19 a fost raportat la Wuhan, China, multe teste comerciale de amplificare a acidului nucleic (NAATS) au fost dezvoltate în întreaga lume. Reacția în lanț în lanț a polimerazei în timp real (RRT-PCR) a fost utilizată ca o metodă de rutină și standard pentru diagnosticul de laborator al sindromului respirator acut sever 2 (SARS-CoV-2) 3 infecție. Detectarea moleculară a SARS-CoV-2 se bazează de obicei pe genele N (gena proteică nucleocapsidă), E (gena proteică a plicului) și RDRP (gena ARN polimerază dependentă de ARN în ORF1A/B (cadrul de citire deschis 1A/B). Gene) regiune identificată din genomul viral. Acestea sunt considerate a fi principalele regiuni conservate găsite în genomii virali pentru recunoașterea virusului4. Printre aceste gene, genele RDRP și E au o sensibilitate ridicată de detectare analitică, în timp ce gena N are o sensibilitate analitică scăzută5.
Performanța testelor PCR poate varia în funcție de diverși factori, cum ar fi: reactivi de extracție, reactivi de amplificare/detectare, metoda de extracție, calitatea mașinii PCR și alte instrumente. În aprilie 2020, mai mult de 48 de dispozitive de diagnosticare diferite din nouă țări au primit autorizația de utilizare de urgență (EUA) pentru diagnosticul CovID-196. În Etiopia, mai mult de 14 platforme PCR în timp real sunt utilizate pentru detectarea PCR a SARS-COV-2 la 26 de instituții de sănătate publică, inclusiv ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 și Quant-STUDIO7. În plus, sunt disponibile diverse kituri de testare PCR, cum ar fi testul de gene Daan, testul Abbott SARS-CoV-2, testul biotehnologiei Sansure și testul SARS-CoV-2 BGI. Deși RRT-PCR este extrem de sensibil, unii pacienți cu COVID-19 raportează rezultate false negative din cauza unor copii insuficiente ale acidului ribonucleic viral (ARN) în probe datorită colectării, transportului, depozitării și manipulării și testării de laborator necorespunzătoare. Condițiile și acțiunile personalului8. În plus, eșantionarea sau controlul manipulării greșite, setarea pragului ciclului (CT) și reactivitatea încrucișată cu alți acizi nucleici patogeni sau ARN SARS-Cov-2 inactiv/rezidual poate duce la rezultate false pozitive în teste RRT-PCR9. Astfel, este clar că testele PCR pot identifica într -adevăr purtătorii de fragmente de gene, deoarece nu pot face nici măcar distincția între genele virale cu adevărat active, astfel încât testele pot identifica doar purtătorii și nu pacienții10. Prin urmare, este important să evaluăm performanța de diagnostic folosind metode standard în setarea noastră. Deși mulți reactivi NAAT sunt disponibili la Institutul de Sănătate Publică Etiopiană (EPHI) și în toată țara, nu a fost încă raportată nicio evaluare comparativă a eficacității acestora. Prin urmare, acest studiu și-a propus să evalueze performanța comparativă a kiturilor disponibile comercial pentru detectarea SARS-CoV-2 de către RRT-PCR folosind exemplare clinice.
În acest studiu au fost incluși un număr de 164 de participanți cu suspiciune COVID-19. Majoritatea eșantioanelor au fost din centre de tratament (118/164 = 72%), în timp ce restul de 46 (28%) participanți au fost din centre de non-tratament. Printre participanții care nu sunt tratați în centru, 15 (9,1%) au avut cazuri suspectate din punct de vedere clinic și 31 (18,9%) au avut contacte cu cazuri confirmate. Nouăzeci și trei (56,7%) participanți au fost bărbați, iar vârsta medie (± SD) a participanților a fost de 31,10 (± 11,82) ani.
În acest studiu, au fost determinate rate pozitive și negative ale patru teste pentru COVID-19. Astfel, ratele pozitive ale testului Abbott SARS-CoV-2, Testul Daan Gene 2019-NCOV, testul SARS-CoV-2 BGI și testul Sansure Biotech 2019-NCOV au fost de 59,1%, 58,5%, 57,9%, respectiv 55,5%. Scorurile pozitive și negative de referință compozită (CRS) au fost 97 (59,1%) și, respectiv, 67 (40,9%) (tabelul 1). În acest studiu, definiția CRS s -a bazat pe regula „orice pozitivă”, prin care din patru rezultate ale testelor, două sau mai multe rezultate ale testelor care au dat același rezultat au fost considerate adevărate pozitive sau negative.
În acest studiu, am constatat un acord procentual negativ (NPA) de 100% (95% IC 94.6–100) pentru toate analizele comparativ cu CRS. Analiza biotehnologiei sansure a arătat un PPA minim de 93,8% (IC 95% 87,2-97,1), iar analiza Gene Daan 2019-NCOV a avut un acord general de 99,4% (95% CI 96,6-99,9). În schimb, acordul general între testul SARS-CoV-2 BGI și testul Sansure Biotech 2019-NCOV a fost de 98,8% și, respectiv, 96,3% (tabelul 2).
Coeficientul de acord Kappa al lui Cohen între CRS și rezultatele testului Abbott SARS-CoV-2 a fost complet consecvent (k = 1,00). În mod similar, valorile Kappa ale lui Cohen detectate de Gene Daan 2019-NCOV, SARS-CoV-2 BGI și Sansure Biotech 2019-NCOV sunt, de asemenea, pe deplin în concordanță cu CRS (K ≥ 0,925). În această analiză comparativă, testul Chi-Square (McNemar Test) a arătat că rezultatele testului Sansure Biotech 2019-NCOV au fost semnificativ diferite de rezultatele CRS (p = 0.031) (tabelul 2).
Așa cum se arată în Fig.1 Procentul de cea mai mică valoare CT (<20 ct) a testului Abbott SARS-CoV-2 (gena RDRP și N) a fost de 87,6% și testul ORF1A/B Gene CT al Sansure Biotech 2019-NCOV a arătat că procentul valorii CT scăzute (<20 CT) a fost de 50,3% și valoarea CT ridicată (36–40 CT) a fost 32%. 1 Procentul de cea mai mică valoare CT (<20 ct) a testului Abbott SARS-CoV-2 (gena RDRP și N) a fost de 87,6% și testul ORF1A/B Gene CT al Sansure Biotech 2019-NCOV a arătat că procentul valorii CT scăzute (<20 CT) a fost de 50,3% și valoarea CT ridicată (36–40 CT) a fost 32%.Așa cum se arată în Fig.1, процент наи dejaеншшеëо значения ct (<20 ct) анализа Abbott Sars-Cov-2 (комин vedere Orf1a/b анализа Sansure biotech 2019-ncov показало что процент низкоого значения ct (<20 ct) составлrisp 50,3%, составляască 3,2%. 1, procentul celei mai mici valori CT (<20 ct) Analiza Abbott SARS-CoV-2 (gena combinată RDRP și N) a fost de 87,6%, iar valoarea CT a analizei genei ORF1A/B a Sansure Biotech 2019-NCOV a arătat că procentul valorii CT scăzute (<20 CT) a reprezentat 50,3%și valoarea CT scăzută (36-40 CT) pentru 50,3%.如图 1 所示 ， ABBOTT SARS-COV-2 检测（结合 RDRP 和 N 基因） 的最低 CT 值百分比（ <20 CT） 为 87,6%， Sansure Biotech 2019-NCOV 检测的 ORF1A/B 基因 CT 值显示低 CT 值 (<20 ct) 的百分比为 50.3%， 高 高 CT 值 (36–40 ct) 的百分比为 的百分比为 的百分比为 32% As shown in Figure 1, the lowest Ct value percentage (< 20 Ct) of Abbott SARS-CoV-2 test (combination of RdRp and N gene) is 87.6%, the ORF1a/b gene Ct value of Sansure Biotech 2019-nCoV test shows low Ct值(< 20 Ct) 的 percentage is 50.3%, 高Ct 值(36–40 Ct) 的 percentage is 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott Sars-Cov-2 (сочетающий гены rdrp и n) и име Weh раззере 87,6%, значение ct гена orf1a/b в исследованиии SanSure Biotech 2019- анализ ncov показал низкий ct. Așa cum se arată în figura 1, testul Abbott SARS-CoV-2 (combinând genele RDRP și N) a avut cea mai mică valoare CT procentuală (<20 ct) la 87,6%, în timp ce valoarea CT a genei ORF1A/B în studiul Sansure Biotech 2019-analiza NCOV a arătat un CT scăzut. Поцент значений (<20 ct) составил 50,3%, п пoр dispoziția Procentul valorilor (<20 ct) a fost de 50,3%, iar procentul valorilor CT ridicate (36-40 ct) a fost de 3,2%.Testul Abbott SARS-Cov-2 B a înregistrat valori CT peste 30. Pe de altă parte, pe testul BGI SARS-CoV-2, gena ORF1A/B a avut o valoare CT ridicată (> 36 ct) a fost de 4% (Fig. 1). Pe de altă parte, pe testul BGI SARS-CoV-2, gena ORF1A/B a avut o valoare CT ridicată (> 36 ct) a fost de 4% (Fig. 1). С другой стороны, в в анализе bgi sars-cov-2 ген orf1a/b и ы ысокое значение ct (> 36 CT), процент кооророро „сост ara uter п к к к к кster Pe de altă parte, în analiza genei BGI SARS-CoV-2 ORF1A/B a avut o valoare CT ridicată (> 36 ct), a cărui procent a fost de 4% (Fig. 1).另一方面 ， 在 BGI SARS-COV-2 检测中 ， ORF1A/B 基因具有高 CT 值（> 36 CT） 的百分比为 4%（图 1）。 Pe de altă parte, în detectarea BGI SARS-CoV-2, procentul de genă ORF1A/B cu valoare CT ridicată (> 36 ct) este de 4% (Figura 1). С дрnunй стороны, в в нализе bgi sars-cov-2 процент генов orf1a/b с ыыоокими значенияmisional (> 36 ct) составил 4% (ри. 1). Pe de altă parte, în analiza BGI SARS-CoV-2, procentul de gene ORF1A/B cu valori CT ridicate (> 36 ct) a fost de 4% (Fig. 1).
În acest studiu, am luat 164 de probe nazofaringiene. Pentru toate tipurile de teste, izolarea și amplificarea ARN -ului au fost efectuate folosind metodele și kiturile recomandate de producătorii respectivi.
Acest studiu a demonstrat că testul lui Abbott pentru SARS-CoV-2 are aceeași performanță de detectare ca și CRS, cu 100% pozitivă, negativă și concordanță generală. Acordul Kappa al lui Cohen este de 1,00, indicând un acord complet cu CRS. Un studiu similar realizat de Universitatea din Washington din SUA a constatat că sensibilitatea și specificitatea generală a testului Abbott pentru SARS-CoV-2 a fost de 93% și, respectiv, 100%, comparativ cu testul determinat de laborator (LDA) al CDC. 11. Sistemul de detectare Abbott SARS-CoV-2 se bazează pe detectarea simultană combinată a genelor N și RDRP, deoarece ambele gene sunt mai sensibile, minimizând falsele negative12. Un studiu realizat în Viena, Austria a arătat, de asemenea, că volumele mari de eșantion de extracție și volumele eluente de detectare au redus la minimum efectele de diluare și eficiența crescută a detectării13. Astfel, potrivirea perfectă a lui Abbott pentru testul SARS-CoV-2 poate fi asociată cu un sistem de detectare a platformei care detectează simultan genele combinatorii, extrage un număr mare de probe (0,5 ml) și folosește o cantitate mare de eluant (40 ul).
Rezultatele noastre au arătat, de asemenea, că performanța de detectare a testului genetic Daan a fost aproape aceeași cu cea a CRS. Acest lucru este în concordanță cu un studiu14 realizat la Universitatea Anhui din Huainan, China și la cererea producătorului de un acord pozitiv 100%. În ciuda rapoartelor de rezultate consistente, un eșantion a fost fals negativ după retestarea aceluiași eluat, dar a fost pozitiv în testele Abbott SARS-CoV-2 și Sansure Biotech NCOV-2019. Acest lucru sugerează că poate exista o variabilitate a rezultatelor pe diferite tipuri de analize. Cu toate acestea, în studiul realizat în China15, rezultatul testului genei Daan a fost semnificativ diferit (p <0.05) în comparație cu testul de referință definit de laborator. Cu toate acestea, în studiul realizat în China15, rezultatul testului genei Daan a fost semnificativ diferit (p <0.05) în comparație cu testul de referință definit de laborator. Тем не менее, в ianuarie лабораторного эталонноmen анализа. Cu toate acestea, într -un studiu realizat în China15, rezultatul analizei lui Daan Gene a fost semnificativ diferit (P <0.05) de analiza lor de referință de laborator.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（ p <0,05）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Однако в иследоваiserии, проведенно/ китае15, реззльаты генетическоого теста Daan значительо оичалиinar сравнению с еëо эталонныы săptămâni ura ura săptămâni ura săptămâni Cu toate acestea, într -un studiu realizat în China15, rezultatele testului genetic al lui Daan au fost semnificativ diferite (p <0.05) în comparație cu testul său de laborator de referință.Această discrepanță se poate datora sensibilității testului de referință pentru a detecta SARS-CoV-2, iar studii suplimentare pot fi importante pentru a determina cauza.
În plus, studiul nostru a evaluat performanța comparativă a testului SARS-CoV-2 BGI cu CRS, arătând un acord procentual pozitiv excelent (PPA = 97,9%), un acord procentual negativ (NPA = 100%) și un acord procentual general în funcție de sex (OPA). ) = 98,8%). Valorile Kappa ale lui Cohen au arătat un acord bun (k = 0,975). Studiile efectuate în Olanda16 și China15 au arătat rezultate consistente. Testul SARS-CoV-2 BGI este un test de detectare a unei singure gene (ORF1A/B) folosind 10 ul Amplificare/detectare eluată. În ciuda unui acord statistic bun cu rezultatele noastre de referință, analiza a ratat două probe pozitive (1,22%) din eșantionul total. Aceasta poate avea implicații clinice uriașe pentru dinamica transmisiei atât la nivel de pacient, cât și la nivel comunitar.
O altă analiză comparativă inclusă în acest studiu a fost testul Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO); Procentul total de potrivire a fost de 96,3%. Puterea acordului a fost determinată și de valoarea Kappa a lui Cohen, care a fost 0,925, ceea ce indică un acord complet cu CRS. Din nou, rezultatele noastre sunt identice cu studiile efectuate la Central South University din Changsha, China și la Departamentul de laborator clinic al Spitalului Poporului Liuzhou, Liuzhou City, China17. Chiar dacă s-a înregistrat o bună concordanță statistică de mai sus, testul chi-square (testul MacNemar) a arătat că rezultatul testului biotehnologiei sansure a avut o diferență semnificativă statistic în comparație cu CRS (p <0,005). Chiar dacă s-a înregistrat o bună concordanță statistică de mai sus, testul chi-square (testul MacNemar) a arătat că rezultatul testului biotehnologiei sansure a avut o diferență semnificativă statistic în comparație cu CRS (p <0,005). Несмотря на то, что ыыло зафиксировано уазанное ыше хорошее стати îndeeleste (критерий макнемара) показал, что реззльат анализа Sansure Biotech имеет статаuter сичзз значиимое различие struc 0,005). Deși a fost înregistrat un acord statistic bun de mai sus, testul Chi-Square (McNemar Test) a arătat că rezultatul testului biotehnologiei sansure a avut o diferență semnificativă statistic în comparație cu CRS (p <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验（ Macnemar 检验） 表明 ， Sansure Biotech 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异（ P <0,005）。。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（ （（ Macnemar 检验 表明 ， ， Sansure Biotech 检测 结果 与 CRS 相比 具有 显着 （（ P <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））））））））））））））））））））））））） Несмотря на отмеченное ыше хорошее стати îndeeleste статистически значимую разницц (p <0,005) между анализом Sansure Biotech и Crs. În ciuda bunului acord statistic menționat mai sus, testul Chi-Square (testul McNemar) a arătat o diferență semnificativă statistic (p <0,005) între testul biotehnologiei Sansure și CRS.Șase probe (3,66%) s -au dovedit a fi false negative în comparație cu CRS (tabelul suplimentar 1); Acest lucru este foarte important, mai ales având în vedere dinamica transmiterii virusului. Datele de mai sus acceptă, de asemenea, această rată de detectare scăzută15.
În acest studiu, valorile CT au fost determinate pentru fiecare test și platforma respectivă, cu cea mai mică valoare medie a CT raportată în testul Abbott SARS-CoV-2. Acest rezultat poate fi legat de sistemul de testare genetică combinată simultană a lui Abbott pentru detectarea SARS-CoV-2. Prin urmare, în conformitate cu figura 1, 87,6% din rezultatele Abbott SARS-CoV-2 au avut valori CT sub 20. Doar un număr mic de rezultate de eșantion (12,4%) au fost în intervalul 20-30. Valorile CT peste 30 nu au fost înregistrate. În plus față de utilizarea de către Abbott a formatului de testare genetică a panoului SARS-CoV-2, acest rezultat poate fi legat de limita de detecție mai mică (32,5 copii ARN/ml) 18, care este de trei ori mai mică decât limita inferioară a companiei de 100 de copii ARN/ml. ML) 19.
Acest studiu are unele limitări: în primul rând, nu avem metode standard/de referință [cum ar fi sarcina virală sau alte teste de laborator (LDA)] din cauza lipsei de resurse. În al doilea rând, toate exemplarele utilizate în acest studiu au fost tampoane nazofaringiene, în timp ce rezultatele nu au fost aplicabile altor tipuri de exemplare, iar în al treilea rând, dimensiunea eșantionului nostru a fost mică.
Acest studiu a comparat performanța a patru teste RRT-PCR pentru SARS-CoV-2 folosind probe nazofaringiene. Toate testele de detectare au avut o performanță aproape comparabilă, cu excepția testului Sansure Biotech. În plus, rata scăzută de pozitivitate a fost identificată în testul biotehnologiei sansure în comparație cu CRS (p <0.05). În plus, rata scăzută de pozitivitate a fost identificată în testul biotehnologiei sansure în comparație cu CRS (p <0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech ыыл ыявлен низкий процент положительных реззттатов по сравнению с Crs (p <0,05). În plus, testul Sansure Biotech a arătat un procent scăzut de rezultate pozitive în comparație cu CRS (p <0,05).此外 ， 与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0.05)。此外 ， 与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0.05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел болеее низкtări у уовень положительных результатов по савнению с Crs (p <0,05). În plus, testul biotehnologiei sansure a avut o rată de pozitivitate mai mică în comparație cu CRS (p <0,05).Analiza Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) a PPA, NPA și acordul general a depășit 93,5% cu o valoare a acordului Cohen Kappa a acordului de 0,925. În cele din urmă, Testul Sansure Biotech (RUO) are nevoie de o validare suplimentară pentru utilizare în Etiopia, iar cercetările suplimentare ar trebui luate în considerare pentru a evalua cererile de la producători individuali.
Proiectarea comparativă a studiului a fost realizată la patru unități de sănătate din Addis Ababa, Spitalul Eka Kotebe, Centrul de tratament al Bisericii Millennium, Spitalul Memorial Zewooditu și Spitalul de Specializare Tuberculoză St. Petru. Datele au fost colectate între 1 și 31 decembrie 2020. Facilitățile medicale pentru acest studiu au fost alese în mod intenționat pe baza numărului mare de cazuri și a disponibilității centrelor majore de tratament din oraș. În mod similar, instrumentele ABI 7500 și Abbott M2000 PCR în timp real au fost selectate conform recomandărilor producătorilor de reactivi NAAT și au fost selectate patru kituri de detectare a PCR pentru acest studiu, deoarece majoritatea laboratoarelor din Etiopia au folosit cel puțin cel puțin patru dintre ele. Test de gene, test Abbott SARS-CoV-2, test biotehnologic Sansure și test SARS-CoV-2 BGI efectuate în timpul studiului).
Testarea pentru SARS-CoV-2 a fost efectuată în perioada 1-3 decembrie 2020 folosind 3 ml de mediu de transport viral (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) de la persoane care au fost cercetate pentru Covid-19 la EPHI. Probele nazofaringiene au fost colectate de colecționari de probe instruiți și trimise la EPHI în tripluri. Înainte de izolarea acidului nucleic, fiecărui eșantion i se atribuie un număr unic de identificare. Extracția se efectuează din fiecare eșantion imediat la sosire folosind metode de extracție manuale și automate. Astfel, pentru extracția automată a Abbott M2000, 1,3 ml (incluzând 0,8 ml volum mort și 0,5 ml volum de intrare de extracție) a eșantionului a fost extras din fiecare probă și trecut prin sistemul de preparare a eșantionului ABBOTT (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, SUA). ) Un lot de 96 [92 de probe, două controale de detectare și două controale non-template (NTC)] a fost inclus în procesul general (regăsirea și detectarea) a două runde de SARS-CoV-2 (EUA) în timp real. minerit. În mod similar, pentru extracția manuală, utilizați aceleași probe (pentru extracție și descoperire automată). Astfel, pe parcursul procesului, 140 ul probe au fost alicotate și extrase folosind kitul Mini ARN virală QIAAMP (Qiagen GmbH, Hilden, Germania) în loturi de 24 (inclusiv 20 de probe, două controale de analiză și două NTC) pe nouă runde. Eluatele extrase manual au fost amplificate și detectate folosind un cicler termic ABI 7500 folosind testul SARS-CoV-2 BGI, testul genei Daan și testul biotehnologiei sansure.
Izolarea automată și purificarea ARN-ului viral SARS-CoV-2 urmează principiul mărgelelor magnetice folosind reactivi de preparare a eșantionului ABBOTT ADN. Inactivarea probelor și solubilizarea particulelor virale se realizează folosind un detergent care conține izotiocianat de guanidină pentru a denatura proteina și a inactiva ARNase. ARN -ul este apoi separat de proteină prin separarea fazelor solide folosind silice, adică sarea de guanidiniu și pH -ul alcalin al tamponului de liză promovează legarea acizilor nucleici la silice (SiO2). Etapa de clătire elimină proteinele și resturile rămase pentru a produce o soluție clară. ARN transparent este izolat de microparticule pe bază de silice folosind câmpul magnetic al instrumentului2021. Pe de altă parte, izolarea manuală și purificarea ARN se realizează prin metoda coloanei de rotire folosind centrifugare în loc de un suport magnetic și separarea microparticulelor de eluant.
Testul de detectare SARS-CoV-2 Abbott în timp real (Abbott Molecular, Inc.) a fost efectuat conform instrucțiunilor producătorului, care au primit EUA19,22 de la OMS și FDA. În acest protocol, inactivarea eșantionului înainte de extracție a fost efectuată într -o baie de apă la 56 ° C timp de 30 min. După inactivarea virusului, extracția acidului nucleic a fost efectuată pe un instrument Abbott M2000 SP de la 0,5 ml VTM folosind un sistem de preparare a eșantionului ADN ABBOTT M2000. Potrivit producătorului. Amplificarea și detectarea au fost efectuate folosind un instrument ABBOTT M2000 RT-PCR și a fost efectuată o detectare duală pentru genele RDRP și N. Rox) și Vic P (colorant proprietar) pentru țintirea și detectarea controalelor interne, permițând detectarea simultană a ambelor produse de amplificare 19.
Metoda de detectare a amplificării acestui kit se bazează pe tehnologia RT-PCR cu un pas. Genele ORF1A/B și N au fost selectate ca regiuni conservate de tehnologia genelor Daan pentru a detecta amplificarea regiunii țintă. Primeri specifici și sonde fluorescente (N sonde de gene etichetate cu sonde FAM, ORF1A/B etichetate cu VIC) au fost proiectate pentru a detecta ARN-ul SARS-CoV-2 în probe. Amestecurile finale de eluant și master au fost preparate prin adăugarea a 5 ul de eluent la 20 ul de mix principal la un volum final de 25 ul. Amplificarea și detectarea au fost efectuate simultan pe un instrument PCR ABI 750024 în timp real.
Genele ORF1A/B și N au fost detectate folosind Sansure Biotech NCOV-2019 Kit de diagnosticare a acidului nucleic nucleic (detectarea fluorescentă a PCR). Pregătiți sonde specifice pentru fiecare genă țintă selectând canalul FAM pentru regiunea ORF1A/B și canalul ROX pentru gena N. La acest kit de analiză, se adaugă reactivi eluent și master mix după cum urmează: Pregătiți 30 ul reactiv de mix principal și 20 ul eșantion eluat pentru detectare/amplificare. PCR ABI 750025 în timp real a fost utilizat pentru amplificare/detectare.
Testul SARS-CoV-2 BGI este un kit fluorescent în timp real RRT-PCR pentru diagnosticul de Covid-19. Regiunea țintă este localizată în regiunea ORF1A/B a genomului SARS-CoV-2, care este o metodă de detectare a genelor unice. În plus, gena β-actină a menajelor umane este o genă țintă reglementată intern. Amestecul principal este preparat amestecând 20 ul de reactiv mix principal și 10 ul din proba de ARN extrasă într -o placă de puț26. Pentru amplificare și detectare a fost utilizat un instrument PCR cantitativ fluorescent ABI 7500. Toate amplificarea acidului nucleic, condițiile de rulare a PCR pentru fiecare test și interpretarea rezultatelor au fost efectuate conform instrucțiunilor producătorului respectiv (tabelul 3).
În această analiză comparativă, nu am folosit metoda standard de referință pentru a determina procentul de acord (pozitiv, negativ și, în general,) și alți parametri de comparație pentru cele patru analize. Fiecare comparație de testare a fost făcută cu CRS, în acest studiu CRS a fost stabilită de regula „orice pozitiv”, iar rezultatul a fost determinat, nu printr -un singur test, am folosit cel puțin două rezultate ale testelor potrivite. În plus, în cazul transmisiei COVID-19, rezultatele false negative sunt mai periculoase decât rezultatele false pozitive. Prin urmare, pentru a spune „pozitiv” cât mai exact posibil dintr -un rezultat CRS, cel puțin două teste de analiză trebuie să fie pozitive, ceea ce înseamnă că cel puțin un rezultat pozitiv este probabil să provină dintr -un test EUA. Astfel, din patru rezultate ale testelor, două sau mai multe rezultate ale testelor care dau același rezultat sunt considerate adevărate pozitive sau negative18,27.
Datele au fost colectate folosind formulare structurate de extracție a datelor, introducerea datelor și analiza au fost efectuate folosind software -ul statistic Excel și versiunea SPSS 23.0 pentru statistici descriptive. Au fost analizate un acord pozitiv, negativ și general procentual, iar un scor KAPPA a fost utilizat pentru a determina gradul de acord al fiecărei metode cu CRS. Valorile kappa sunt interpretate după cum urmează: 0,01 până la 0,20 pentru un acord ușor, 0,21 până la 0,40 pentru acord general, 0,41-0,60 pentru un acord moderat, 0,61-0,80 pentru un acord major și 0,81-0,99 pentru un acord complet28.
Clearance -ul etic a fost obținut de la Universitatea din Addis Ababa și toate protocoalele experimentale pentru acest studiu au fost aprobate de comisia de revizuire a eticii științifice a Institutului de Sănătate Publică Etiopiană. Numărul de referință pentru licența de etică EPHI este EPHI/IRB-279-2020. Toate metodele au fost aplicate în conformitate cu recomandările și prevederile ghidurilor complete naționale etiopiene pentru tratamentul COVID-19. În plus, consimțământul scris scris a fost obținut de la toți participanții la studiu înainte de participarea la studiu.
Toate datele obținute sau analizate în acest studiu sunt incluse în acest articol publicat. Datele care susțin rezultatele acestui studiu sunt disponibile de la autorul respectiv la o cerere rezonabilă.
Organizația Mondială a Sănătății. Recomandări pentru strategiile de testare de laborator pentru COVID-19: Ghid provizoriu, 21 martie 2020 Nr. OMS/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (OMS, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Diagnostic inteligent în Departamentul de Urgență: All-in în practică. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Diagnostic inteligent în Departamentul de Urgență: All-in în practică.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. și Gurgulianis, KI Diagnosticul inteligent al Covid-19 în Departamentul de Urgență: Totul în practică.Muliou DS, Pantazopoulos I. și Gurgulyanis KI Diagnosticul inteligent al COVID-19 în departamentele de urgență: integrarea end-to-end în practică. Expert Reverend Respire. medicament. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluarea ID -ului Covid19 Now EUA Test. Mitchell, SL & St George, K. Evaluarea ID -ului Covid19 Now EUA Test.Mitchell, SL și St.Mitchell SL și St. George K. Evaluarea testului EUA COVID19 acum. J. Clinic. Virus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
OMS. Detectarea de laborator a bolii Coronavirus 2019 (COVID-19) în suspectele boli umane. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (accesat 15 august 2020) (OMS, 2020).
Udugama, B. și colab. Diagnostic COVID-19: boli și instrumente de testare. ACS NANO 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. și colab. Înființarea Colegiului de patologi din Africa de Est, Centrală și de Sud - Școala Regională de Patologie din Orientul Mijlociu și Africa de Sud. Africa. J. Lab. medicament. 9 (1), 1-8 (2020).
Institutul Etiopian de Sănătate Publică, Ministerul Sănătății Federale. Strategie națională interimară și îndrumare pentru diagnosticul de laborator al COVID-19. https://ehi.gov.et/images/novel_coronavirus/ehi_pheoc_covid-19_laboration_diagnostic_eng.pdf (accesat 12 august 2020) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. și Kesselheim, ca teste false negative pentru provocările și implicațiile infecțiilor SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. și Kesselheim, ca teste false negative pentru provocările și implicațiile infecțiilor SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. și Kesselheim ca teste false-negative pentru infecțiile SARS-CoV-2 și consecințele acestora.Voloshin S., Patel N. și Kesselheim ca teste false-negative pentru provocare și impactul infecției cu SARS-CoV-2. N. Eng. J. Medicină. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki False-pozitive și false-negative Covid-19 Cazuri: strategii de prevenire respiratorie și de gestionare, vaccinare și perspective suplimentare. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki False-pozitive și false-negative Covid-19 Cazuri: strategii de prevenire respiratorie și de gestionare, vaccinare și perspective suplimentare. Mouliou, ds & Gourgoulianis, ki ложноположительные и ложнотрицательные случаи 16: рес rezerficați вакцинация и дальнейшие персiser îl Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki Fals False Positive și Fals Negative CASES de COVID-19: Strategii de prevenire respiratorie și tratament, vaccinare și calea de urmat.Muliu, DS și Gurgulianis, Ki False-pozitive și false-negative Cazuri de COVID-19: Strategii pentru prevenirea și tratamentul respirator, vaccinarea și calea de urmat. Expert Reverend Respire. medicament. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. și Konstantinos, G. Covid-19 Diagnosticul în secția de urgență: văzând copacul, dar pierderea pădurii. Mouliou, DS, Ioannis, P. și Konstantinos, G. Covid-19 Diagnosticul în secția de urgență: văzând copacul, dar pierderea pădurii.Mouliou, DS, Ioannis, P. și Konstantinos, G. Covid-19 Diagnosticul în departamentul de urgență: vezi arborele, pierde pădurea.Muliou DS, Ioannis P. și Konstantinos G. Covid-19 Diagnosticul în camerele de urgență: nu sunt suficiente pădure pentru copaci. Apărea. medicament. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
DeGli-Iangeli, E. și colab. Validarea și validarea performanței analitice și clinice a testului SARS-CoV-2 Abbott în timp real. J. Clinic. Virus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, AFSHAR, AA, Kalantar-Reneestanaki, D., Fazlalipour, M. și Aflatoonian, B. Comparați cinci seturi de primer din regiunea genomului diferit de Covid-19 pentru detectarea infecției cu virus prin RT-PCR convențional. Mollaei, HR, AFSHAR, AA, Kalantar-Reneestanaki, D., Fazlalipour, M. și Aflatoonian, B. Comparația a cinci seturi de primer din diferite regiuni ale genomului de COVID-19 pentru detectarea infecției cu virus prin RT-PCR convențional.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Reneestanaki, D., Fazlalipour, M. și Aflatunyan, B. Comparația a cinci seturi de primeri din diferite regiuni ale genomului Covid-19 pentru detectarea infecției virale prin RT-PCR convenționale. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Reneestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, AFSHAR, AA, Kalantar-Reneestanaki, D., Fazlalipour, M. și Aflatoonian, B. Comparația a 5 regiuni genetice diferite de Covid-19 pentru detectarea infecției virale prin RT-PCR convenționale.Mollaei HR, AFSHAR AA, Kalantar-Yestanaki D, Fazlalipour M. și Aflatunyan B. Comparația a cinci seturi de primeri din diferite regiuni ale genomului Covid-19 pentru detectarea infecției virale prin RT-PCR convenționale.Iran. J. Microbiologie. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. și colab. Rezultate preliminare ale Programului național de evaluare a calității externe pentru detectarea secvențelor genomului SARS-CoV-2. J. Clinic. Virus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. și colab. Evaluarea analitică a eficacității a cinci kituri RT-PCR pentru sindromul respirator acut sever Coronavirus 2. J. Clinic. laborator. anus. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. și colab. Evaluarea a șapte kituri de detectare a ARN-ului SARS-CoV-2 disponibile în comerț în China, pe baza reacției în lanț a polimerazei în timp real (PCR). clinic. Chimic. laborator. medicament. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB și colab. Comparația a șapte kituri comerciale RT-PCR COVID-19 de diagnosticare. J. Clinic. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu și colab. Comparația performanței de diagnostic a două kituri PCR pentru detectarea acizilor nucleici SARS-CoV-2. J. Clinic. laborator. anus. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR, etc. Un studiu comparativ pe patru platforme de testare a amplificării acidului nucleic SARS-CoV-2 (NAAT) a arătat că performanța ID Now a fost degradată semnificativ în funcție de tipul de pacient și de eșantion. diagnostic. microbiologie. Infecta. dis. 99 (1), 115200 (2021).
Molecula Abbott. Abbott în timp real SARS-CoV-2 Analiza pachetului de analiză. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-isars-cov-2-asy. 1-12. (Din 10 august 2020) (2020).
Klein, S. și colab. Izolarea ARN SARS-CoV-2 folosind mărgele magnetice pentru detectarea rapidă pe scară largă de RT-QPCR și RT-LAMP. Virus 12 (8), 863 (2020).