Efectuarea a patru teste de amplificare a acidului nucleic pentru a identifica SARS-CoV-2 în Etiopia

Vă mulțumim că ați vizitat Nature.com. Utilizați o versiune de browser cu suport limitat pentru CSS. Pentru cea mai bună experiență, vă recomandăm să utilizați un browser actualizat (sau să dezactivați Modul de compatibilitate în Internet Explorer). În plus, pentru a asigura suport continuu, arătăm site-ul fără stiluri și JavaScript.
Afișează un carusel de trei diapozitive simultan. Utilizați butoanele Anterior și Următorul pentru a vă deplasa prin trei diapozitive simultan sau utilizați butoanele glisante de la sfârșit pentru a vă deplasa prin trei diapozitive simultan.
De la izbucnirea bolii coronavirus (COVID-19) din 2019, multe teste comerciale de amplificare a acidului nucleic (NAAT) au fost dezvoltate în întreaga lume și au devenit teste standard. Deși mai multe teste au fost rapid dezvoltate și aplicate testelor de diagnostic de laborator, performanța acestor teste nu a fost evaluată într-o varietate de situații. Prin urmare, acest studiu și-a propus să evalueze performanța testelor Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI și Sansure Biotech folosind standardul de referință compus (CRS). Studiul a fost realizat la Institutul de Sănătate Publică din Etiopia (EPHI) în perioada 1 - 30 decembrie 2020. 164 de probe nazofaringiene au fost extrase folosind minikit-ul QIAamp ARN și sistemul de preparare a probelor de ADN Abbott. Din 164 de exemplare, 59,1% au fost pozitive și 40,9% au fost negative pentru CRS. Pozitivitatea Sansure Biotech a fost semnificativ scăzută în comparație cu CRS (p < 0,05). Pozitivitatea Sansure Biotech a fost semnificativ scăzută în comparație cu CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Rezultatele pozitive ale Sansure Biotech au fost semnificativ mai mici în comparație cu CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech a avut semnificativ mai puține rezultate pozitive în comparație cu CRS (p < 0,05).Acordul general al celor patru analize a fost de 96,3–100% comparativ cu CRS. Pe lângă rata de pozitivitate scăzută a testului Sansure Biotech, performanța celor patru teste a fost aproape comparabilă. Ca atare, testul Sansure Biotech [Numai cercetare (RUO)] necesită validare suplimentară pentru utilizarea sa în Etiopia. În cele din urmă, ar trebui luate în considerare cercetări suplimentare pentru a evalua testele cu afirmațiile corespunzătoare ale producătorului.
Testele de laborator fac parte din Planul strategic de pregătire și răspuns (SPRP) pentru bolile cu coronavirus 2019 (COVID-19) al Organizației Mondiale a Sănătății (OMS). OMS recomandă că țările trebuie să își dezvolte capacitatea de laborator pentru a îmbunătăți pregătirea, gestionarea adecvată a cazurilor, vigilența și răspunsul rapid la provocările de sănătate publică. Acest lucru sugerează că rolul laboratorului este cheia pentru caracterizarea bolii și epidemiologia agenților infecțioși emergenti și controlul răspândirii acestora.
Diagnosticul COVID-19 necesită informații epidemiologice și medicale, simptome/semne personale și date radiografice și de laborator2. De când focarul de COVID-19 a fost raportat în Wuhan, China, multe teste comerciale de amplificare a acidului nucleic (NAAT) au fost dezvoltate în întreaga lume. Reacția în lanț a polimerazei cu transcripție inversă în timp real (rRT-PCR) a fost utilizată ca metodă de rutină și standard pentru diagnosticul de laborator al infecției cu sindromul respirator acut sever 2 (SARS-CoV-2)3. Detectarea moleculară a SARS-CoV-2 se bazează de obicei pe genele N (gena proteinei nucleocapside), E (gena proteinei învelișului) și RdRp (gena ARN polimerazei dependente de ARN) în ORF1a/b (cadru de citire deschis 1a/b) . genă) regiune identificată din genomul viral. Ele sunt considerate a fi principalele regiuni conservate găsite în genomul viral pentru recunoașterea virusului4. Printre aceste gene, genele RdRp și E au o sensibilitate mare de detecție analitică, în timp ce gena N are o sensibilitate analitică scăzută5.
Performanța testelor PCR poate varia în funcție de diverși factori, cum ar fi: reactivi de extracție, reactivi de amplificare/detecție, metoda de extracție, calitatea mașinii PCR și alte instrumente. În aprilie 2020, peste 48 de dispozitive de diagnosticare diferite din nouă țări au primit autorizație de utilizare de urgență (EUA) pentru diagnosticarea COVID-196. În Etiopia, mai mult de 14 platforme PCR în timp real sunt utilizate pentru detectarea prin PCR a SARS-CoV-2 la 26 de instituții de sănătate publică, inclusiv ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 și Quant-studio7. În plus, sunt disponibile diverse kituri de testare PCR, cum ar fi testul Daan Gene, testul Abbott SARS-CoV-2, testul Sansure Biotech și testul SARS-CoV-2 BGI. Deși rRT-PCR este foarte sensibilă, unii pacienți cu COVID-19 raportează rezultate fals negative din cauza unor copii insuficiente ale acidului ribonucleic viral (ARN) în probe din cauza colectării, transportului, depozitării și manipulării necorespunzătoare și testelor de laborator. condiţiile şi acţiunile personalului8. În plus, manipularea greșită a probei sau a controlului, setarea pragului ciclului (Ct) și reactivitatea încrucișată cu alți acizi nucleici patogeni sau ARN SARS-CoV-2 inactiv/rezidual pot duce la rezultate fals pozitive în testele rRT-PCR9. Astfel, este clar că testele PCR pot identifica într-adevăr purtători de fragmente de gene, deoarece nu pot face nici măcar distincția între genele virale cu adevărat active, astfel încât testele pot identifica doar purtătorii și nu pacienții10. Prin urmare, este important să evaluăm performanța diagnosticului folosind metode standard în contextul nostru. Deși mulți reactivi NAAT sunt disponibili la Institutul de Sănătate Publică din Etiopia (EPHI) și în toată țara, nu a fost raportată încă o evaluare comparativă a eficacității lor. Prin urmare, acest studiu și-a propus să evalueze performanța comparativă a truselor disponibile comercial pentru detectarea SARS-CoV-2 prin rRT-PCR folosind specimene clinice.
Un total de 164 de participanți cu suspectare de COVID-19 au fost incluși în acest studiu. Majoritatea eșantioanelor au provenit din centre de tratament (118/164 = 72%), în timp ce restul de 46 (28%) de participanți au provenit din centre care nu au fost tratate. Dintre participanții netratați la centru, 15 (9,1%) au avut cazuri suspecte clinic și 31 (18,9%) au avut contacte cu cazuri confirmate. Nouăzeci și trei (56,7%) de participanți au fost bărbați, iar vârsta medie (± SD) a participanților a fost de 31,10 (± 11,82) ani.
În acest studiu, au fost determinate rate pozitive și negative pentru patru teste pentru COVID-19. Astfel, ratele pozitive ale testului Abbott SARS-CoV-2, testului Daan Gene 2019-nCoV, testului SARS-CoV-2 BGI și testului Sansure Biotech 2019-nCoV au fost de 59,1%, 58,5%, 57,9% și, respectiv, 55,5% . Scorurile standard de referință compuse pozitive și negative (CRS) au fost 97 (59,1%) și, respectiv, 67 (40,9%) (Tabelul 1). În acest studiu, definiția CRS s-a bazat pe regula „orice pozitiv”, prin care din patru rezultate ale testelor, două sau mai multe rezultate ale testelor care au dat același rezultat au fost considerate adevărate pozitive sau negative.
În acest studiu, am găsit un acord procentual negativ (NPA) de 100% (95% CI 94,6–100) pentru toate analizele în comparație cu CRS. Analiza Sansure Biotechnology a arătat un PPA minim de 93,8% (95% CI 87,2-97,1), iar analiza Daan Gene 2019-nCoV a avut un acord global de 99,4% (95% CI 96,6-99,9). În schimb, acordul general între testul SARS-CoV-2 BGI și testul Sansure Biotech 2019-nCoV a fost de 98,8%, respectiv 96,3% (Tabelul 2).
Coeficientul kappa de acord al lui Cohen între rezultatele testului CRS și Abbott SARS-CoV-2 a fost pe deplin consecvent (K = 1,00). În mod similar, valorile kappa lui Cohen detectate de Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI și Sansure Biotech 2019-nCoV sunt, de asemenea, pe deplin în concordanță cu CRS (K ≥ 0,925). În această analiză comparativă, testul chi-pătrat (testul McNemar) a arătat că rezultatele testului Sansure Biotech 2019-nCoV au fost semnificativ diferite de rezultatele CRS (p = 0,031) (Tabelul 2).
După cum se arată în Fig.1, procentul de cea mai mică valoare Ct (< 20 Ct) a testului Abbott SARS-CoV-2 (gena RdRp și N combinată) a fost de 87,6%, iar valoarea Ct a genei ORF1a/b a testului Sansure Biotech 2019-nCoV a arătat că procentul scăzut Valoarea Ct (< 20 Ct) a fost de 50,3% și valoarea Ct ridicată (36–40 Ct) a fost de 3,2%. 1, procentul de cea mai mică valoare Ct (< 20 Ct) a testului Abbott SARS-CoV-2 (gena RdRp și N combinată) a fost de 87,6%, iar valoarea Ct a genei ORF1a/b a testului Sansure Biotech 2019-nCoV a arătat că procentul scăzut Valoarea Ct (< 20 Ct) a fost de 50,3% și valoarea Ct ridicată (36–40 Ct) a fost de 3,2%.După cum se arată în Fig.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) 6%, 8 и N) значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 23%, ста) а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло 3,2%. 1, procentul analizei cu cea mai mică valoare Ct (< 20 Ct) a Abbott SARS-CoV-2 (gena combinată RdRp și N) a fost de 87,6%, iar valoarea Ct a analizei genei ORF1a/b a Sansure Biotech 2019-nCoV a arătat că procentul de valoare scăzută a Ct (< 20 Ct) a reprezentat 50,3%, iar valoarea ridicată a Ct (36–40 Ct) au reprezentat 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（<20%，Sansur. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值(36)–40 Ct (36)–40的百分比为3,2%. După cum se arată în Figura 1, cel mai scăzut procentaj al valorii Ct (< 20 Ct) a testului Abbott SARS-CoV-2 (combinație a genei RdRp și N) este de 87,6%, valoarea Ct a genei ORF1a/b a testului Sansure Biotech 2019-nCoV. arată un procent scăzut de Ct值(< 20 Ct) 的 este de 50,3%, Procentul 高Ct 值(36–40 Ct) 的 este de 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое нтроец нтроец Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV покат.зка După cum se arată în Figura 1, testul Abbott SARS-CoV-2 (combinând genele RdRp și N) a avut cea mai mică valoare procentuală Ct (< 20 Ct) la 87,6%, în timp ce valoarea Ct a genei ORF1a/b în Sansure Studiu Biotech 2019 - Analiza nCoV a arătat un Ct scăzut. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Procentul de valori (< 20 Ct) a fost de 50,3%, iar procentul de valori ridicate de Ct (36–40 Ct) a fost de 3,2%.Testul Abbott SARS-CoV-2 B a înregistrat valori Ct peste 30. Pe de altă parte, pe testul BGI SARS-CoV-2, gena ORF1a/b a avut o valoare ridicată a Ct (> 36 Ct) procentul a fost de 4% (Fig. 1). Pe de altă parte, pe testul BGI SARS-CoV-2, gena ORF1a/b a avut o valoare ridicată a Ct (> 36 Ct) procentul a fost de 4% (Fig. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент кол 4% (рис. 1). Pe de altă parte, în analiza BGI SARS-CoV-2 gena ORF1a/b a avut o valoare Ct ridicată (> 36 Ct), procentul căruia a fost de 4% (Fig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比一分比一帛%（4% Pe de altă parte, în detectarea BGI SARS-CoV-2, procentul genei ORF1a/b cu valoare Ct ridicată (>36 Ct) este de 4% (Figura 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) (>36 Ct) сл. Pe de altă parte, în analiza BGI SARS-CoV-2, procentul de gene ORF1a/b cu valori Ct ridicate (>36 Ct) a fost de 4% (Fig. 1).
În acest studiu, am luat 164 de probe nazofaringiene. Pentru toate tipurile de teste, izolarea și amplificarea ARN a fost efectuată folosind metodele și kiturile recomandate de producătorii respectivi.
Acest studiu a demonstrat că testul lui Abbott pentru SARS-CoV-2 are aceeași performanță de detectare ca CRS, cu concordanță 100% pozitivă, negativă și generală. Acordul kappa al lui Cohen este de 1,00, indicând acordul deplin cu CRS. Un studiu similar al Universității din Washington din SUA a constatat că sensibilitatea și specificitatea generală a testului Abbott pentru SARS-CoV-2 a fost de 93% și, respectiv, 100%, în comparație cu testul determinat de laborator (LDA) al CDC. . 11. Sistemul de detectare Abbott SARS-CoV-2 se bazează pe detectarea combinată simultană a genelor N și RdRp, deoarece ambele gene sunt mai sensibile, minimizând fals-negative12. Un studiu din Viena, Austria, a arătat, de asemenea, că volumele mari de probe de extracție și volumele de eluanți de detectare au minimizat efectele de diluție și au crescut eficiența detectării13. Astfel, potrivirea perfectă a lui Abbott pentru testul SARS-CoV-2 poate fi asociată cu un sistem de detectare a platformei care detectează simultan gene combinatorii, extrage un număr mare de probe (0,5 ml) și utilizează o cantitate mare de eluent (40 µl).
Rezultatele noastre au arătat, de asemenea, că performanța de detectare a testului genetic Daan a fost aproape aceeași cu cea a CRS. Acest lucru este în concordanță cu un studiu14 realizat la Universitatea Anhui din Huainan, China, și cu afirmația producătorului de acord 100% pozitiv. În ciuda rapoartelor de rezultate consistente, o probă a fost fals negativă după retestarea aceluiași eluat, dar a fost pozitivă în testele Abbott SARS-CoV-2 și Sansure Biotech nCoV-2019. Acest lucru sugerează că poate exista variabilitate a rezultatelor în diferite tipuri de teste. Cu toate acestea, în studiul efectuat în China15, rezultatul testului Daan Gene a fost semnificativ diferit (p < 0,05) în comparație cu testul lor de referință definit de laborator. Cu toate acestea, în studiul efectuat în China15, rezultatul testului Daan Gene a fost semnificativ diferit (p < 0,05) în comparație cu testul lor de referință definit de laborator. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значителедовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значитенном (5) их лабораторного эталонного анализа. Cu toate acestea, într-un studiu din China15, rezultatul analizei lui Daan Gene a fost semnificativ diferit (p < 0,05) de analiza lor de referință de laborator.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значитель <br> 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Cu toate acestea, într-un studiu din China15, rezultatele testului genetic al lui Daan au fost semnificativ diferite (p < 0,05) în comparație cu testul său de laborator de referință.Această discrepanță se poate datora sensibilității testului de referință pentru detectarea SARS-CoV-2, iar studiile suplimentare pot fi importante pentru a determina cauza.
În plus, studiul nostru a evaluat performanța comparativă a testului SARS-CoV-2 BGI cu CRS, arătând un acord procentual excelent pozitiv (PPA = 97,9%), acord procentual negativ (NPA = 100%) și acord procentual general în funcție de gen ( OPA). ). = 98,8%). Valorile Kappa lui Cohen au arătat o concordanță bună (K = 0,975). Studiile din Țările de Jos16 și China15 au arătat rezultate consistente. Testul SARS-CoV-2 BGI este un test de detectare a unei singure gene (ORF1a/b) folosind 10 µl de eluat de amplificare/detecție. În ciuda acordului statistic bun cu rezultatele noastre de referință, analiza a omis două eșantioane pozitive (1,22%) din eșantionul total. Acest lucru poate avea implicații clinice uriașe pentru dinamica transmiterii atât la nivel de pacient, cât și la nivel de comunitate.
O altă analiză comparativă inclusă în acest studiu a fost testul Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); procentul total de meciuri a fost de 96,3%. Puterea acordului a fost determinată și de valoarea Kappa a lui Cohen, care a fost de 0,925, indicând acordul deplin cu CRS. Din nou, rezultatele noastre sunt identice cu studiile efectuate la Universitatea Central South din Changsha, China, și la Departamentul de laborator clinic al Spitalului Popular Liuzhou, orașul Liuzhou, China17. Chiar dacă s-a înregistrat concordanța statistică bună de mai sus, testul chi-pătrat (testul MacNemar) a arătat că rezultatul testului Sansure Biotech a avut o diferență semnificativă statistic față de CRS (p < 0,005). Chiar dacă s-a înregistrat concordanța statistică bună de mai sus, testul chi-pătrat (testul MacNemar) a arătat că rezultatul testului Sansure Biotech a avut o diferență semnificativă statistic față de CRS (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое сототировано указанное выше хорошее статистическое сототиреровано хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имет статистически злесески злесч зальтат (критерий Макнемара) по сравнению с CRS (p < 0,005). Deși s-a înregistrat acordul statistic bun de mai sus, testul chi-pătrat (testul McNemar) a arătat că rezultatul testului Sansure Biotech a avut o diferență semnificativă statistic față de CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，但卡方检验，Sansure Biotech 朚C相比具有统计学显着差异（p < 0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， biotech ， 检验 ，与 crs 相比 具有 显着 （（p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。＼。。）） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий хи-квадратрат) (критерат) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS. În ciuda acordului statistic bun notat mai sus, testul chi-pătrat (testul McNemar) a arătat o diferență semnificativă statistic (p < 0,005) între testul Sansure Biotech și CRS.Șase eșantioane (3,66%) s-au dovedit a fi fals negative în comparație cu CRS (Tabelul suplimentar 1); acest lucru este foarte important, mai ales având în vedere dinamica transmiterii virusului. Datele de mai sus susțin și această rată scăzută de detecție15.
În acest studiu, valorile Ct au fost determinate pentru fiecare test și platformă respectivă, cu cea mai mică valoare medie Ct raportată în testul Abbott SARS-CoV-2. Acest rezultat poate fi legat de sistemul de testare genetică combinată simultană al lui Abbott pentru detectarea SARS-CoV-2. Prin urmare, conform figurii 1, 87,6% dintre rezultatele Abbott SARS-CoV-2 au avut valori Ct sub 20. Doar un număr mic de rezultate ale probei (12,4%) au fost în intervalul 20-30. Valorile Ct peste 30 nu au fost înregistrate. Pe lângă utilizarea de către Abbott a formatului de testare genetică a panoului SARS-CoV-2, acest rezultat poate fi legat de limita inferioară de detecție (32,5 copii ARN/mL)18, care este de trei ori mai mică decât limita inferioară a companiei de 100 de copii ARN. /mL. ml)19.
Acest studiu are unele limitări: în primul rând, nu avem metode standard/de referință [cum ar fi încărcarea virală sau alte teste de laborator (LDA)] din cauza lipsei de resurse. În al doilea rând, toate specimenele utilizate în acest studiu au fost tampoane nazofaringiene, în timp ce rezultatele nu au fost aplicabile altor tipuri de specimene și, în al treilea rând, dimensiunea eșantionului nostru a fost mică.
Acest studiu a comparat performanța a patru teste rRT-PCR pentru SARS-CoV-2 folosind probe nazofaringiene. Toate testele de detecție au avut performanțe aproape comparabile, cu excepția testului Sansure Biotech. În plus, rata de pozitivitate scăzută a fost identificată în testul Sansure Biotech comparativ cu CRS (p < 0,05). În plus, rata de pozitivitate scăzută a fost identificată în testul Sansure Biotech comparativ cu CRS (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по срав нс, 05 (CRS). În plus, testul Sansure Biotech a arătat un procent scăzut de rezultate pozitive în comparație cu CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравен, CRS5 (CRS5). În plus, testul Sansure Biotech a avut o rată de pozitivitate mai mică în comparație cu CRS (p < 0,05).Analiza Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) a PPA, NPA și acordul general a depășit 93,5%, cu o valoare a acordului Cohen Kappa de 0,925. În cele din urmă, Sansure Biotech Assay (RUO) are nevoie de validare suplimentară pentru utilizare în Etiopia și ar trebui luate în considerare cercetări suplimentare pentru a evalua afirmațiile producătorilor individuali.
Studiul comparativ a fost realizat la patru unități de sănătate din Addis Abeba, Spitalul Eka Kotebe, Centrul de Tratament al Bisericii Millennium, Spitalul Memorial Zewooditu și Spitalul de specialitate în tuberculoză St. Datele au fost colectate între 1 și 31 decembrie 2020. Facilitățile medicale pentru acest studiu au fost alese în mod intenționat pe baza numărului lor mare de cazuri și a disponibilității centrelor de tratament majore din oraș. În mod similar, instrumentele, inclusiv instrumentele PCR în timp real ABI 7500 și Abbott m2000, au fost selectate conform recomandărilor producătorilor de reactivi NAAT și au fost selectate patru kituri de detecție PCR pentru acest studiu, deoarece majoritatea laboratoarelor din Etiopia au folosit cel puțin patru dintre ei. Testul genetic, testul Abbott SARS-CoV-2, testul Sansure Biotech și testul SARS-CoV-2 BGI efectuat în timpul studiului).
Testarea pentru SARS-CoV-2 a fost efectuată în perioada 1 - 30 decembrie 2020 folosind 3 ml de mediu de transport viral (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) de la persoane supuse investigației pentru COVID-19, referite la EPHI. Probele nazofaringiene au fost colectate de colectori instruiți și trimise la EPHI în pachete triple. Înainte de izolarea acidului nucleic, fiecărei probe i se atribuie un număr unic de identificare. Extracția se efectuează din fiecare probă imediat după sosire folosind metode de extracție manuală și automată. Astfel, pentru extracția automată a lui Abbott m2000, 1,3 ml (inclusiv 0,8 ml volum mort și 0,5 ml volum de intrare de extracție) de probă au fost extrase din fiecare probă și trecute prin sistemul de preparare a probelor de ADN Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, SUA). ) Un lot de 96 [92 de probe, două controale de detecție și două controale fără șablon (NTC)] a fost inclus în procesul general (recuperare și detectare) a două runde de SARS-CoV-2 (EUA) în timp real. minerit. În mod similar, pentru extracția manuală, utilizați aceleași mostre (pentru extragerea și descoperirea automată). Astfel, pe tot parcursul procesului, probele de 140 ui au fost alicote și extrase folosind QIAamp Viral ARN Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Germania) în loturi de 24 (inclusiv 20 de probe, două controale de testare și două NTC) pe parcursul a nouă runde. Eluații extrași manual au fost amplificați și detectați utilizând un termociclor ABI 7500 folosind testul SARS-CoV-2 BGI, testul Daan Gene și testul Sansure Biotech.
Izolarea și purificarea automată a ARN-ului viral SARS-CoV-2 urmează principiul granulelor magnetice folosind reactivii de preparare a probei de ADN Abbott. Inactivarea probelor și solubilizarea particulelor virale se realizează folosind un detergent care conține izotiocianat de guanidină pentru a denatura proteina și a inactiva RNaza. ARN-ul este apoi separat de proteină prin separare în fază solidă folosind silice, adică sarea de guanidiniu și pH-ul alcalin al tamponului de liză promovează legarea acizilor nucleici la silice (SiO2). Etapa de clătire îndepărtează proteinele rămase și resturile pentru a produce o soluție limpede. ARN-ul transparent este izolat din microparticule pe bază de silice folosind câmpul magnetic al instrumentului20,21. Pe de altă parte, izolarea și purificarea manuală a ARN-ului este realizată prin metoda coloanei spin folosind centrifugare în loc de un suport magnetic și separarea microparticulelor din eluent.
Testul Abbott de detectare a SARS-CoV-2 în timp real (Abbott Molecular, Inc.) a fost efectuat conform instrucțiunilor producătorului, care a primit EUA19,22 de la OMS și FDA. În acest protocol, inactivarea probei înainte de extracție a fost efectuată într-o baie de apă la 56 ° C timp de 30 de minute. După inactivarea virusului, extracția acidului nucleic a fost efectuată pe un instrument Abbott m2000 SP din 0,5 ml VTM utilizând un sistem de preparare a probei de ADN Abbott m2000. conform producatorului. Amplificarea și detectarea au fost efectuate folosind un instrument Abbott m2000 RT-PCR și a fost efectuată detectarea duală pentru genele RdRp și N. ROX) și VIC P (colorant propriu) pentru țintirea și detectarea controalelor interne, permițând detectarea simultană a ambelor produse de amplificare 19 .
Metoda de detectare a amplificării a acestui kit se bazează pe tehnologia RT-PCR într-un singur pas. Genele ORF1a/b și N au fost selectate ca regiuni conservate de către Daan Gene Technology pentru a detecta amplificarea regiunii țintă. Primeri specifici și sonde fluorescente (sonde gene N marcate cu FAM, sonde ORF1a/b marcate cu VIC) au fost proiectate pentru a detecta ARN-ul SARS-CoV-2 în probe. Eluentul final și amestecurile master au fost preparate prin adăugarea a 5 ui de eluent la 20 ui de amestec principal la un volum final de 25 ui. Amplificarea și detectarea au fost efectuate simultan pe un instrument PCR în timp real ABI 750024.
Genele ORF1a/b și N au fost detectate folosind kitul de diagnosticare a acidului nucleic Sansure Biotech nCoV-2019 (detecție PCR fluorescentă). Pregătiți sonde specifice pentru fiecare genă țintă selectând canalul FAM pentru regiunea ORF1a/b și canalul ROX pentru gena N. La acest kit de testare se adaugă eluent și reactivi de amestec principal după cum urmează: se prepară 30 µl de reactiv de amestec principal și 20 µl de probă eluată pentru detectare/amplificare. Pentru amplificare/detecție a fost utilizată PCR în timp real ABI 750025.
Testul SARS-CoV-2 BGI este un kit fluorescent rRT-PCR în timp real pentru diagnosticarea COVID-19. Regiunea țintă este situată în regiunea ORF1a/b a genomului SARS-CoV-2, care este o metodă de detectare a unei singure gene. În plus, gena umană β-actina este o genă țintă reglată intern. Amestecul principal este preparat prin amestecarea a 20 µl din reactivul master mix și a 10 µl din proba de ARN extrasă într-o placă de godeuri26. Pentru amplificare și detectare a fost utilizat un instrument de PCR cantitativ fluorescent în timp real ABI 7500. Toate amplificarea acidului nucleic, condițiile de rulare PCR pentru fiecare test și interpretarea rezultatelor au fost efectuate conform instrucțiunilor producătorului respectiv (Tabelul 3).
În această analiză comparativă, nu am folosit metoda standard de referință pentru a determina acordul procentual (pozitiv, negativ și general) și alți parametri de comparație pentru cele patru analize. Fiecare comparație de test a fost făcută cu CRS, în acest studiu CRS a fost stabilit de regula „orice pozitiv” și rezultatul a fost determinat, nu de un singur test, am folosit cel puțin două rezultate de test potrivite. În plus, în cazul transmiterii COVID-19, rezultatele fals negative sunt mai periculoase decât rezultatele fals pozitive. Prin urmare, pentru a spune „pozitiv” cât mai precis posibil dintr-un rezultat CRS, cel puțin două teste de analiză trebuie să fie pozitive, ceea ce înseamnă că cel puțin un rezultat pozitiv este probabil să provină dintr-un test EUA. Astfel, din patru rezultate ale testelor, două sau mai multe rezultate ale testelor care dau același rezultat sunt considerate adevărat pozitive sau negative18,27.
Datele au fost colectate folosind formulare structurate de extragere a datelor, introducerea și analiza datelor au fost efectuate folosind software-ul statistic Excel și SPSS versiunea 23.0 pentru statistici descriptive. S-au analizat procente de concordanță pozitive, negative și globale și a fost utilizat un scor Kappa pentru a determina gradul de acord al fiecărei metode cu CRS. Valorile Kappa sunt interpretate după cum urmează: 0,01 până la 0,20 pentru acord ușor, 0,21 până la 0,40 pentru acord general, 0,41-0,60 pentru acord moderat, 0,61-0,80 pentru acord major și 0,81-0,99 pentru acord complet28.
Autorizația etică a fost obținută de la Universitatea din Addis Abeba și toate protocoalele experimentale pentru acest studiu au fost aprobate de Consiliul de Etică Științific al Institutului Etiopian de Sănătate Publică. Numărul de referință pentru licența de etică EPHI este EPHI/IRB-279-2020. Toate metodele au fost aplicate în conformitate cu recomandările și prevederile Ghidurilor Naționale Comprehensive Etiopiene pentru Tratamentul COVID-19. În plus, a fost obținut consimțământul informat scris de la toți participanții la studiu înainte de participarea la studiu.
Toate datele obținute sau analizate în acest studiu sunt incluse în acest articol publicat. Datele care susțin rezultatele acestui studiu sunt disponibile de la autorul respectiv, la cerere rezonabilă.
Organizația Mondială a Sănătății. Recomandări pentru strategiile de testare în laborator pentru COVID-19: Ghid interimar, 21 martie 2020 Nr. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (OMS, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Diagnostic inteligent COVID-19 în Departamentul de Urgență: All-in in Practice. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Diagnostic inteligent COVID-19 în Departamentul de Urgență: All-in in Practice.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. și Gurgulianis, KI Diagnosticul inteligent al COVID-19 în departamentul de urgență: totul în practică.Muliou DS, Pantazopoulos I. și Gurgulyanis KI Diagnosticarea inteligentă a COVID-19 în departamentele de urgență: integrare end-to-end în practică. Expert reverendul Respire. medicament. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL și St George, K. Evaluarea testului COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL și St George, K. Evaluarea testului COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL și St. George, K. Evaluarea testului COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL și St. George K. Evaluarea testului COVID19 ID NOW EUA. J. Clinic. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
OMS. Detectarea în laborator a bolii coronavirus 2019 (COVID-19) în boala umană suspectată. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (accesat la 15 august 2020) (OMS, 2020).
Udugama, B. şi colab. Diagnostic COVID-19: Boli și instrumente de testare. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. şi colab. Înființarea Colegiului Patologilor din Africa de Est, Centrală și de Sud – Școala Regională de Patologie din Orientul Mijlociu și Africa de Sud. Africa. J. Lab. medicament. 9(1), 1-8 (2020).
Institutul Etiopian de Sănătate Publică, Ministerul Federal al Sănătății. Strategie națională interimară și orientări pentru diagnosticul de laborator al COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (accesat la 12 august 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Teste fals negative pentru provocările și implicațiile infecției cu SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Teste fals negative pentru provocările și implicațiile infecției cu SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. și Kesselheim AS Teste fals negative pentru infecțiile cu SARS-CoV-2 și consecințele acestora.Voloshin S., Patel N. și Kesselheim AS Teste fals negative pentru provocare și impactul infecției cu SARS-CoV-2. N. ing. J. Medicină. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Cazuri fals pozitive și fals negative pentru COVID-19: strategii de prevenire și management respirator, vaccinare și alte perspective. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Cazuri fals pozitive și fals negative pentru COVID-19: strategii de prevenire și management respirator, vaccinare și alte perspective. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Cazuri fals pozitive și fals negative de COVID-19: strategii de prevenire și tratament respirator, vaccinare și calea de urmat.Muliu, DS și Gurgulianis, KI Cazuri fals pozitive și fals negative de COVID-19: strategii de prevenire și tratament respirator, vaccinare și calea de urmat. Expert reverendul Respire. medicament. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnostic COVID-19 în departamentul de urgență: Vederea copacului, dar pierderea pădurii. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnostic COVID-19 în departamentul de urgență: Vederea copacului, dar pierderea pădurii.Mouliou, DS, Ioannis, P. și Konstantinos, G. Diagnostic COVID-19 în departamentul de urgență: vezi copacul, pierdeți pădurea.Muliou DS, Ioannis P. și Konstantinos G. Diagnostic COVID-19 în camerele de urgență: pădure nu este suficientă pentru copaci. Apărea. medicament. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. şi colab. Validarea și validarea performanței analitice și clinice a testului Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Clinic. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Comparație cu cinci seturi de primeri din diferite regiuni ale genomului COVID-19 pentru detectarea infecției cu virus prin RT-PCR convențională. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. și Aflatoonian, B. Comparație a cinci seturi de primeri din diferite regiuni ale genomului COVID-19 pentru detectarea infecției cu virus prin RT-PCR convențională.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. și Aflatunyan, B. Comparație a cinci seturi de primeri din diferite regiuni ale genomului COVID-19 pentru detectarea infecției virale prin RT-PCR convențională. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. și Aflatoonian, B. Comparație a 5 regiuni genetice diferite ale COVID-19 pentru detectarea infecției virale prin RT-PCR convențională.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. și Aflatunyan B. Comparație a cinci seturi de primeri din diferite regiuni ale genomului COVID-19 pentru detectarea infecției virale prin RT-PCR convențională.Iranul. J. Microbiologie. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. şi colab. Rezultatele preliminare ale programului național extern de evaluare a calității pentru detectarea secvențelor genomului SARS-CoV-2. J. Clinic. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. şi colab. Evaluarea analitică a eficacității a cinci truse RT-PCR pentru sindromul respirator acut sever Coronavirus 2. J. Clinical. laborator. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. şi colab. Evaluarea a șapte truse de detectare a ARN SARS-CoV-2 disponibile comercial în China, bazată pe reacția în lanț a polimerazei (PCR) în timp real. clinic. Chimic. laborator. medicament. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB și colab. Comparație a șapte truse comerciale de diagnosticare RT-PCR COVID-19. J. Clinic. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu și colab. Comparație a performanței de diagnosticare a două kituri PCR pentru detectarea acizilor nucleici SARS-CoV-2. J. Clinic. laborator. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR etc. Un studiu comparativ al a patru platforme de testare a amplificarii acidului nucleic SARS-CoV-2 (NAAT) a arătat că performanța ID NOW a fost semnificativ degradată în funcție de tipul de pacient și de probă. diagnostic. microbiologie. Infecta. diss. 99(1), 115200 (2021).
Molecula Abbott. Fișă Abbott pentru analiză SARS-CoV-2 în timp real. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Din 10 august 2020) (2020).
Klein, S. şi colab. Izolarea ARN SARS-CoV-2 folosind margele magnetice pentru detectarea rapidă la scară largă prin RT-qPCR și RT-LAMP. Virusul 12(8), 863 (2020).